Не менее важным направлением было церковное просвещение в общеобразовательной школе. С 1992 г. в Москве стали ежегодно проводиться Рождественские образовательные чтения, ставшие постепенно крупнейшим церковно-образовательным форумом России и Зарубежья, объединившим церковных и светских педагогов, стремившихся сформулировать общие принципы и методологические подходы к православному школьному и воскресному образованию.
К 1994 г. в епархиях РПЦ действовало более 1200 воскресных школ, в которых обучалось около 58 тыс. детей. Позже именно на Рождественских чтениях возникнет движение за преподавание «Основ православной культуры» в школе. Поначалу робко, а затем все более настойчиво православная общественность, а затем и духовенство заговорили о необходимости факультативного, а то и обязательного преподавания знаний о религии в школе. Как и в вопросе о преподавании теологии в светских вузах, возникла дискуссия о правомерности и целесообразности преподавания в школе религиозно-культурной дисциплины. Против выступили правозащитники, религиеведы, а также ряд религиозных лидеров иных конфессий, предлагавшие преподавать «Историю мировых религий». Несмотря на все дискуссии, «Основы православной культуры» стали внедряться во многих регионах и к 2007 г. в той или иной форме преподавались более чем в пятидесяти регионах России.
Необходимость церковных реформ, обусловленных новыми историческими условиями бытия Церкви, а также дотоле немыслимые возможности, открывшиеся для социального, миссионерского и социального служений, потребовали от Церкви изменений и в административной структуре. Появились новые синодальные учреждения: Комиссия по канонизации святых (1989), Комиссия по богослужению (1989), Отдел по церковной благотворительности и социальному служению (1991), Отдел религиозного образования и катехизации (1991), Синодальная богословская комиссия (1993), Издательский совет (1994), Отдел по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными органами (1995), Миссионерский отдел (1995), Комиссия по экономическим и гуманитарным вопросам (1997), Синодальный отдел по делам молодежи (2000).
Начинается постепенное восстановление и церковной науки. В 1996 г. был создан Церковно-научный центр (ЦНЦ) «Православная энциклопедия», начавший с 2000 г. издание фундаментальной многотомной «Православной энциклопедии», получившей статус учебного пособия для вузов России. Центр впервые за весь послереволюционный период объединил усилия российских и зарубежных церковных и светских ученых в деле возрождения церковной науки, проведения исторических, агиографических, библейских и других исследований. В 1995 г. был возрожден учрежденный еще в 1882 г. Фонд по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова) (Макариевский фонд), учредителями которого выступили РПЦ, Правительство Москвы и Российская академия наук. Возрожденные церковные Макариевские премии впервые были вручены лауреатам в 1997 г.
Во внешнем строе жизни Церкви также произошли разительные перемены. Восстанавливается регулярное богослужение в Кремлевских храмах и соборе Василия Блаженного, прекращенные насильственно в 1918 г., воссоздаются разрушенные при советской власти Казанский собор на Красной площади, часовня Иверской иконы Божией Матери у Воскресенских ворот Китай-города, сотни храмов и монастырей по всей стране. Значимым символом эпохи стало возвращение Казанского собора в Петербурге Русской Церкви (более полувека в нём располагался музей атеизма).
Не менее важным делом явилось восстановление Храма Христа Спасителя, взорванного 5 декабря 1931 г. Еще в 1990 г. Священный Синод обратился в Правительство России с просьбой разрешить восстановить храм на прежнем месте. Общественное движение за воссоздание храма возглавили известные писатели и деятели культуры В. А. Солоухин, Г. В. Свиридов, В. Г. Распутин, И. С. Глазунов, В. П. Мокроусов, В. Н. Крупин. Инициатива была поддержана федеральным и московским правительством. В 1994 г. были разобраны конструкции бассейна «Москва» и залито бетонное основание храмового комплекса. В Рождество Христово 1995 г. был совершен торжественный молебен с закладкой камня и памятной доски в фундамент воссоздаваемого храма, а на Пасху 1996 г. Патриарх Алексий II в присутствии Президента Б. Н. Ельцина, руководителей федерального и московского правительств совершил первое богослужение под сводами храма.
31 декабря 1999 г. ознаменовалось в истории России торжественным освящением церкви Рождества Христова в восстанавливаемом храме Христа Спасителя и передачей в присутствии Патриарха Алексия II президентских полномочий президентом Борисом Ельциным Владимиру Путину. 19 августа 2000 г. Святейший Патриарх совершил Великое освящение Храма Христа Спасителя.