С 2000 г. Россию регулярно начинали посещать главы вселенских и поместных православных церквей, причем с ними встречался не только Патриарх, но и глава государства. Укрепление межправославных связей происходило на фоне осложнения отношений Русской Церкви с Константинопольским Патриархатом, который, следуя желанию части православноверующих в Украине и Прибалтике, поставил под сомнение каноническую власть Московского Патриархата на территории этих стран. К середине 2000-х гг. этот конфликт был в целом разрешен. Константинопольский Патриархат отказался признать канонически законными отделившиеся от РПЦ православные сообщества Украины, а православные Эстонии на уровне приходских общин сделали выбор – в чьей юрисдикции им быть – Московского Патриархата или Константинопольского (4/5 приходов Эстонии избрали РПЦ).
Фактически Московская патриархия к концу 2000-х гг. была единственной организацией, охватывающей почти всю территорию Российской Империи (кроме Грузии, Финляндии и Польши). В декабре 2006 г. в РПЦ насчитывалась 131 епархия, Приходов Московской патриархии в странах СНГ и Балтии к концу 2006 г. насчитывалось 27 393 – это несколько больше половины дореволюционного количества; а монастырей – 713, или около одной трети дореволюционного количества (в том числе: в России – 216 мужских и 237 женских обителей; на Украине – 87 мужских и 81 женская; в других странах СНГ – 34 мужских и 53 женских; в зарубежных странах – 2 мужских и 3 женские). Правда, насельников монастырей сейчас значительно меньше, чем было до революции. Всё это – внушительные цифры, если вспомнить, что после хрущевских гонений 1960-х в СССР осталось лишь около 7,5 тысячи православных приходов. Церковь имела 83 учебных заведения, в т. ч. 5 духовных академий, 2 православных университета, 37 духовных семинарий. В конце 2006 г. в 4600 воскресных школах обучалось свыше 150 тысяч детей, православных гимназий насчитывалось более 150, в т. ч. в Москве – 22. За тридцать лет до того в РПЦ оставались только две духовные академии и три семинарии с очень ограниченным числом учащихся.
Русская Церковь, как самая большая православная поместная церковь, постепенно стала в 2000-е гг. сравнительно влиятельной силой не только в православном мире, но и в мировой политике. С руководством РПЦ встречались лидеры крупнейших государств и международных организаций, прибывавших с визитами в Россию. Международные отношения Церкви уже не ограничивались исключительно церковными организациями. Церковь занимала активную позицию по наиболее актуальным проблемам международной безопасности (бомбардировки Югославии, разрушения православных святынь в Косово, трагедия 11 сентября 2001 г., военные действия в Афганистане и Ираке, учет религиозного измерения в общеевропейской интеграции и т. д.). По опросам 2004 г. (ФОМ) 59 % респондентов (против 26 %) считало, что российские власти должны решать важнейшие государственные вопросы совместно с РПЦ.
Внутри России Церковь не уставала призывать народ и самое себя к покаянию за те страшные деяния, которые совершены нашим обществом в XX в. В послании по поводу освящения 17 июля 2003 г. храма-памятника на месте убийства Царской фамилии в Екатеринбурге, патриарх Алексий II объяснял: «Братоубийственная Гражданская война и годы репрессий, коснувшиеся практически каждой семьи, все дальнейшие и даже нынешние нестроения в отечестве нашем являются следствием нашего отступления от того пути, которым не раз приходила Россия к славе и могуществу. Ополчившись на Бога, презрев священную память предков, отдавших за нас свои жизни, уничтожив без зазрения совести труд лучших сынов и дочерей народа, мы покрыли российскую историю пятном страшного беззакония. Десятилетия забвения Правды Божией породили в нашем народе духовную опустошенность, отягощенность людских сердец неправдами и грехами. Именно в этом видятся глубинные корни кризисных явлений сегодняшнего дня. Это пятно лежит на нашей совести, омрачает духовную жизнь общества. Смыть его можно только всеобщим покаянием и трудом пастырей и чад Церкви, государства и народа».
Церковь, оставаясь вне политики, всё более вовлекала в политику общего дела людей разных политических взглядов. В 1993 г. инициативой РПЦ и ряда общественных организаций был создан Всемирный Русский народный собор (ВРНС), призванный стать местом встречи, форумом людей разных политических убеждений, объединенных заботой о будущем русского народа. В работе VI ВРНС, посвященного теме «Россия: вера и цивилизация. Диалог эпох» и состоявшегося в декабре 2001 г. (через три месяца после трагедии в Нью-Йорке), принял участие Президент России Путин.