Никои верил в миссию Руси как спасителя мирового православия и освободителя страждущих под игом турок славянских народов. Царь Алексей не обладал способностями полководца, но патриарх убедил его возглавить поход в пределы Речи Посполитой, дабы оказать помощь православному населению Украины. Для контроля за действиями бояр в условиях начавшейся войны монарх учредил Приказ тайных дел. Приказ появился в то время, когда влияние Никона достигло высшей точки. Новое учреждение не было центром политического сыска. Скорее то была личная канцелярия самодержца, призванная контролировать деятельность думы. Все русские приказы были по существу единой разветвленной канцелярией думы. Исключением стал новый приказ. Во главе его стоял ближний дьяк, не входивший в думу. С получением думного чина такой дьяк терял свой пост. Отправляя бояр в поход, царь приставлял к ним подьячих Тайного приказа, чтобы они все «подсматривали» и без промедления докладывали в Москву. В своей переписке приказ нередко использовал тайные шифры, составленные самим государем. Опека бояр давно тяготила самодержца. В письме к Никону он сообщал, что отправил в отставку старого дворецкого, и с гордостью добавлял: «а слово мое теперь в Дворце добре страшно и делается все без замедления»[654]. Патриарх Никон всемерно помогал монарху восстановить сильную власть во всем ее великолепии и «грозе». Царь Иван IV пытался избавиться от опеки Боярской думы с помощью опричнины, Алексей Романов — с помощью Приказа тайных дел. Дьяк Г. Котошихин так определял значение нового учреждения: «в тот Приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведяют кроме самого царя», «а устроен тот Приказ… для того, чтобы его царская мысль и дела исполнилися по его хотению, а бояре бы и думные люди о том ни о чем не ведали»[655].
Получив титул «великого государя», Никон фактически стал выполнять функции правителя государства, несвойственные главе церкви. Патриарх не одобрял решений Земского собора 1648 г., а новый свод законов называл «беззаконной книгой», «проклятым законоположением». Никон категорически отвергал любые покушения казны на церковное имущество, и при нем конфискации городских слобод у патриаршего дома и иерархов прекратились. Нимало не считаясь с законами, Никон добился от царя пожалования патриаршему дому богатых земель и угодий. На Никона негодовали царица с Милославскими, знать и духовенство. «Великий государь» патриарх заставлял бояр часами ждать приема на патриаршем дворе. Противников Никона из числа священнослужителей ждали побои, тюрьма или ссылка в Сибирь. Бывший друг патриарха Иван Неронов однажды с горечью сказал ему: «Какая тебе честь, владыка святой, что всякому ты страшен», «дивлюсь, государевы царевы власти уже не слыхать, от тебя всем страх…»[656].