Первый вариант обвинительного заключения Вышинским был составлен сразу же после появления закрытого письма. 7 августа 1936 года, еще задолго до окончания расследования по делу, Вышинский по требованию Сталина представил ему этот вариант с числом обвиняемых в двенадцать человек.
Корректируя его, Сталин зачеркнул в показаниях обвиняемых Зиновьева, Мрачковского и Бакаева оценку положения в партии и стране. В текст обвинительного заключения он внес ряд поправок и изменений. Так, в предложение «...было осуществлено 1 декабря 1934 года по прямому указанию Л. Троцкого и под непосредственным руководством объединенного центра злодейское убийство тов. С. М. Кирова» Сталин вписал: «...по прямому указанию Г. Зиновьева и Л. Троцкого...» На полях шестнадцатой страницы проекта дважды дописал фамилию Лурье.
В соответствии с указанием этот текст обвинительного заключения Вышинский переделал.
Исправлешшй текст обвинительного заключения, в котором значилось уже не двенадцать, а четырнадцать обвиняемых, 10 августа 1936 года вновь был представлен Сталину. Им текст был опять переделан, и в качестве обвиняемых в него были включены Евдокимов и Тер-Ваганян. Оба они стали проходить по делу как активные члены объединенного центра.
Кагановичу, замещавшему Сталина на время его отпуска, неоднократно представлялись на согласование составленные до окончания судебного заседания председателем военной коллегии Верховного суда Ульрихом различные варианты проектов приговора по делу.
После рассмотрения Кагановичем последнего варианта приговора в него были вновь внесены поправки. На третьей странице в число лиц, в отношении которых готовились террористические акты, Каганович внес собственную фамилию, а на седьмой странице дописал фамилию Орджоникидзе.
Вносимые Сталиным и Кагановичем произвольные изменения в тексты обвинительного заключения и приговора свидетельствуют о том, что исход дела и судьбы лиц, привлеченных к уголовной ответственности по нему, были предопределены задолго до суда.
Согласно сфабрикованным обвинениям, основой для создания так называемого объединенного центра послужили показания о получении из-за границы указаний Троцкого о терроре. Однако эти показания никакими документальными доказательствами и другими объективными данными не подтверждались. Более того, в силу их надуманности они противоречивы и неконкретны.
В подтверждение вывода о переходе троцкистов и зиновьевцев к тактике террора против руководителей ВКП(б) в обвинительной речи Вышинского содержится ссылка на открытое письмо Троцкого в Президиум ЦИК СССР, опубликованное 1 марта 1932 года в издававшемся за границей бюллетене. В письме Троцкий пишет о необходимости осуществить завещание Ленина — убрать Сталина. Эта ссылка не может быть принята во внимание как доказательство. К тому же Троцкий в статье, опубликованной в бюллетене 15 октября 1932 года, разъяснил этот свой тезис, заявив, что лозунг убрать Сталина не означает его физического устранения...
Никаких других данных о террористических директивах Троцкого, кроме показаний осужденных, в распоряжении следствия и суда не имелось. Показания же осужденных, как отмечалось выше, являются несостоятельными, противоречивыми, сделанными явно по подсказке следствия.
В материалах обвинения утверждается, что объединенный троцкистско-зиновьевский центр создан с целью террора против руководителей ЦК ВКП(б) и Советского правительства. В соответствии с этим положением во время следствия работники НКВД получили от арестованных показания о том, что в различных городах Советского Союза, в том числе в Москве, Ленинграде и Горьком, а также в Красной Армии были созданы многочисленные террористические организации. На основании этого в 1936 году было арестовано и расстреляно более 160 человек, якобы принимавших участие в подготовке террористических актов по заданию объединенного центра. Несмотря на применение к арестованным незаконных мер воздействия, многие из них виновными себя не признали.
В качестве обвиняемых по делу были также привлечены прибывшие в 1932—1935 годах в СССР Берман-Юрин, Круглянский и оба Лурье.
Несмотря на то что они не состояли в контактах с обвиняемыми по так называемому объединенному троцкистско-зиновьевскому центру, они тем не менее были осуждены по одному делу с Зиновьевым, Каменевым, Смирновым и другими. Все они обвинялись в том, что будто бы по заданию Троцкого прибыли в СССР с целью совершения террористических актов. На следствии и в суде они признали себя виновными в террористической деятельности, однако их показания также содержат явные противоречия, неконкретны и неправдоподобны.
Перед отъездом в СССР, показывали Берман-Юрин и Илья- Давид, в марте 1933 года они в Копенгагене встречались с Троцким, который дал им задание убить Сталина. Однако в списках лиц, посетивших Троцкого в Копенгагене, Берман-Юрин и Круглянский не значатся.