Вступив в должность прокурора республики, С. А. Емельянов со знанием дела организовывал работу аппарата Прокуратуры РСФСР и подчиненных прокуратур. В новых условиях он сумел повернуть органы прокуратуры лицом к трудовым коллективам, заострить внимание подчиненных на вопросах укрепления трудовой дисциплины, оказания правовой помощи, профилактики правонарушений.
Палитра дел, которые тогда расследовались Прокуратурой РСФСР, была чрезвычайна колоритна.
С. А. Емельянов неоднократно публично выступал против «парада суверенитетов», который тогда захлестнул страну: «Сегодняшние идеи и попытки поставить республиканский закон над союзным есть не что иное, как проявление откровенных сепаратистских тенденций. А в морально-политическом плане верховенство республиканского закона может рассматриваться как неуважение к другим союзным республикам, поскольку союзный закон принимается с их участием.
Если мы признаем приоритет международного права, то логическим продолжением этой тенденции должно быть и признание верховенства союзного закона над республиканскими».
При Сергее Андреевиче в прокуратуре была, пожалуй, самая теплая обстановка. Интеллигентный, благожелательный прокурор полюбился всему коллективу. Он сам готовил свои многочисленные выступления на различных заседаниях, совещаниях и коллегиях, в прессе. Речь его была не просто грамотной, но еще и красивой. Когда ему приходилось отрываться от текста, «говорить от себя», то это никак не влияло на качество произносимой речи — она текла все так же ровно, без запинки. При этом она была всегда быстрой, может быть, даже несколько торопливой, искрометной. Иногда казалось, что слова не поспевают за мыслью. Емельянов умел захватывать внимание слушателей. Когда он выступал в какой-либо аудитории, то шушукающихся и скучающих в зале не было. Сергей Андреевич не считал зазорным для себя запросто зайти в любой отдел, попросить (а он всегда именно просил, а не требовал) какой-то документ, сведения, статистику для подготовки того или иного выступления. В то же время он был достаточно строгим руководителем, не любил расхлябанность, неорганизованность, необязательность. За исполнение своих поручений всегда жестко спрашивал с подчиненных. Когда же они допускали какие-либо ошибки или существенные промахи, то он переживал всегда так, как будто сам это сделал. Все знавшие Сергея Андреевича называли его «обаятельнейшим человеком».