История Российской прокуратуры. 1722–2012

16 декабря 1905 император Николай II подписал указ об освобождении С. С. Манухина от должности министра, однако он был оставлен в звании сенатора, а в апреле 1906 назначен, по выражению современников, «не особенно охотно» членом Государственного совета. В 1910 Манухин возглавил Комиссию законодательных предположений Совета.

27 апреля 1912 на Сергея Сергеевича Манухина высочайшим повелением было возложено расследование всех обстоятельств забастовки на Ленских золотопромышленных приисках и последовавшего вслед за этим расстрела рабочих. О результатах следствия он представил императору подробный доклад, в котором довольно объективно излагались как обстоятельства забастовки и ее причины, так и последующие события. В докладе подчеркивался «мирный характер общего настроения толпы», шедшей с петицией к прокурору.

Манифест Николая II «Об усовершенствовании государственного порядка»

После расследования Ленских событий Манухин продолжал занимать ответственные посты в Государственном совете и даже временно исправлял обязанности вице-председателя Совета. Награжден многими орденами, включая орден Св. Александра Невского. Удостоен чина действительного тайного советника (1915). После Февральской революции Манухин стал членом 1-го департамента Правительствующего сената, но был оставлен за штатом. Сергей Сергеевич — один из немногих царских сановников, которого не арестовали при Временном правительстве.

При советской власти С. С. Манухин проживал в Петрограде. В декабре 1917 вошел в члены Комиссии для разработки проекта договора между Россией и Финляндией, затем работал консультантом Народного комиссариата финансов РСФСР, был членом Сапропелевого комитета Академии наук. 21 июля 1921 его арестовали по обвинению в участии в «Петроградской боевой организации» (входил в так называемую «профессорскую группу»), во главе которой стоял В. Н. Таганцев. 3 октября того же года приговорен к двухлетнему заключению, но через месяц был освобожден из-под стражи «ввиду крайне болезненного состояния».

С. С. Манухин скончался 17 апреля 1922 в Петрограде.