За время руководства Министерством юстиции С. С. Манухин провел некоторые перестановки в центральном управлении, местных судебных и прокурорских органах. Укрепил Консультацию при Министерстве — этот своеобразный мозговой центр ведомства.
Для многих Манухин был очень неудобный министр, поэтому вопрос о его отставке витал в воздухе. Даже Витте не мог отстоять своего министра. Главными недоброжелателями Манухина были Д. Ф. Трепов, вначале Петербургский генерал-губернатор и товарищ Министра внутренних дел, затем дворцовый комендант, и П. Н. Дурново, министр внутренних дел. С ними он довольно часто расходился во взглядах на происходящие события, и не раз отказывал в удовлетворении их незаконных требований по различным вопросам. Например, Трепов заручился согласием на назначение директора департамента полиции Горина сенатором. Манухин категорически возражал против этого, прямо заявив государю, что имеется значительное число деятелей «более заслуженных и более серьезных», чем Горин. Однако император не поддержал министра юстиции в этом вопросе.
Трепов открыто обвинял Манухина в бездействии, при котором «невозможно подавить революцию». Со своей стороны министр говорил, что вся беда заключается в Трепове и ему подобных, что он своей «полнейшей политической невоспитанностью и невежеством» спровоцировал события 1904–1905 годов, расшатавшие власть. «Пока он будет, говорил Манухин, будут вечные неожиданности».
У Манухина были и другие недоброжелатели, приближенные к императору Николаю II из царской фамилии.
При очередном личном докладе Николаю II С. С. Манухин сказал, что он не считает возможным оставаться министром юстиции, так как не может изменить своих взглядов, которые, видимо, не одобряются государем.
Император воспринял это сухо и предложил Манухину сообщить о своей отставке С. Ю. Витте.
16 декабря 1905 года указ об отставке С. С. Манухина был подписан. Он был оставлен в звании сенатора и назначен, «не особенно охотно», членом Государственного совета.
В тот же день Именным Высочайшим указом, данным Государственному совету, в должности министра юстиции и генерал-прокурора был утвержден тайный советник Михаил Григорьевич Акимов.
Акимов Михаил Григорьевич
(1847–1914),
действительный тайный советник