В. Н. Панину пришлось много внимания уделять политическим делам, которые с начала 1860-х годов возникали в Правительствующем сенате одно за другим. Волнения, начавшиеся в низах еще накануне обнародования Манифеста 19 февраля 1861 года об освобождении крестьян, не только не прекращались, но еще более усиливались. Они широко поддерживались так называемыми революционными демократами, лидером которых был Н. Г. Чернышевский. Все более массовыми становились протестные выступления студенчества. В Россию проникали из-за рубежа запрещенные издания, распространялись всевозможные листовки, прокламации и воззвания.
Именно в это время были арестованы известный поэт М. Л. Михайлов и публицист Н. В. Шелгунов (за прокламацию «К молодому поколению»), В. А. Обручев, в июне 1862 года — Н. Г. Чернышевский, а позднее, уже при Д. Н. Замятнине — выдающийся русский критик Д. И. Писарев (за страстную публицистическую статью). Все они были осуждены Правительствующим сенатом.
В мае 1861 года с Высочайшего соизволения учреждается Следственная комиссия по делам о распространении революционных воззваний. Ее возглавил А. Ф. Голицын, которого А. И. Герцен за жестокость к политическим противникам назвал «отборнейшим инквизитором».
От Министерства юстиции в комиссию направили вначале обер-прокурора 1 Отделения 3 департамента Правительствующего сената Матюшина, но уже через день он был заменен обер-прокурором 4 департамента действительным статским советником М. Ф. Геддом, как «более знакомым с порядками уголовного судопроизводства». Первое заседание комиссии состоялось 25 мая 1861 года. Комиссия с самого начала была наделена функциями вполне самостоятельного государственного учреждения и находилась в непосредственном подчинении императора, которому и представляла отчеты о своей деятельности. Власть у комиссии была огромная. Круг ее деятельности не был очерчен какими-либо рамками, ведомствами или же определенными местностями. Она была обязана всюду не только преследовать политические преступления, но и принимать решительные меры для их предупреждения и пресечения. Следственная комиссия начала работу довольно интенсивно. Только за первые четыре месяца своего существования она рассмотрела материалы в отношении 112 человек. Дела, законченные комиссией, подлежали рассмотрению в судах в первую очередь, «дабы виновные получили следующее им по закону наказание сколь возможно скорее». С 1864 года Следственную комиссию возглавил П. П. Ланской. Всего за девять лет существования комиссия рассмотрела материалы в отношении 3-х тысяч человек.
Мнение сенатора Державина о правах и преимуществах из существенной должности Сената. Рукопись Российский государственный исторический архив, Санкт-Петербург
Письмо Гаврилы Романовича Державина от 9 октября 1798 г. Российский Государственный исторический архив, Санкт-Петербург