Но, пока маленький царевич Дмитрий так развлекался в Угличе, вокруг трона «блаженного» Фёдора Ивановича закипела борьба за обладание реальной властью. Оттеснив родовитых Мстиславских, Романовых-Юрьевых и Шуйских, а также незнатного, но могущественного, наглого и амбициозного Богдана Бельского, фаворитом и временщиком сумел стать ловкий интриган и царедворец Борис Фёдорович Годунов. Будучи из не очень знатного рода татарского мурзы (бояре считали его «выскочкой»), Годунов сумел сделать карьеру в опричном войске (уцелев во всех «переборках людишек») и дважды выгодно устроить свои семейные дела: первый раз – сам женившись на дочери всесильного палача Малюты Скуратова, а второй – женив царского сына и наследника Фёдора на своей сестре Ирине и став царским шурином. Выдающиеся способности политика и интригана (несмотря на слабое здоровье, низкое происхождение и полководческую бездарность) позволили Годунову уцелеть в последние года царствования Ивана IV, переиграть всех своих конкурентов и сосредоточить в своих руках неограниченную власть.
В отличие от Ивана Грозного, Борис Годунов не любил эффектных и масштабных публичных кровопролитий и проявлял едва ли не «гуманизм»: его противники «просто», без лишнего шума насильно постригались в монахи, ссылались в дальние монастыри, где через год или два погибали от угарного газа (дыма), яда или убивались каким-либо другим «бесшумным» способом. Борис Годунов стремился укрепить свою власть в стране и хоть немного вывести Московскую Русь из той глубочайшей пропасти, в которую она рухнула в результате правления Ивана IV.
Всесильный боярин широко поощрял доносы, наводнив страну своими тайными агентами и призывая холопов доносить на своих господ. Он в ряде «локальных» войн со Швецией частично вернул утерянные ранее Россией земли в Прибалтике, а также устранил угрозу крымских набегов. По инициативе Годунова в 1589 году на Руси было учреждено патриаршество. Когда в Москву приехал за «спонсорской помощью» (как сказали бы сейчас) константинопольский патриарх Иеремия, его арестовали и поставили перед выбором: или он никогда более живым не покинет Москву, или же он даст свое благословение на учреждение в Москве патриархии и будет отпущен с большими деньгами и почестями. Естественно, после некоторого сопротивления, отказов и колебаний, Иеремия согласился на второе. Первым патриархом Руси был избран ставленник Годунова Иов.
В 1591 году в Угличе при подозрительных и загадочных обстоятельствах погиб царевич Дмитрий. Он был найден около терема с перерезанным ножом горлом. По официальной версии правительственной следственной комиссии, возглавляемой боярином князем Василием Шуйским, ребёнок неудачно упал на нож в результате эпилептического приступа («падучей болезни», которой он был подвержен). Однако родные Дмитрия говорили, что он был убит подосланными злодеями. В народе ходили как слухи о том, что царевич был убит по приказу Годунова (хотя его убийство было на руку не только всесильному боярину, но и другим кандидатам на русский трон, в первую очередь, родовитым боярам Романовым-Юрьевым), так и иные слухи – о чудесном опасении царевича, до времени скрывшегося от врагов и убийц. Так стал твориться Миф, которому вскоре предстояло обрести плоть и кровь и ввергнуть страну в Смуту, низвергая троны.
В 1598 году умер бездетным царь Фёдор Иванович, и династия московских Рюриковичей (Даниловичей) пресеклась. Борис Годунов разыграл после этого настоящую комедию. Он вместе со своей сестрой, вдовствующей царицей Ириной, удалился в Новодевичий монастырь и сделал вид, что самоустранился (за него работали его приверженцы). Фактически, он организовал, мастерски провёл и выиграл первую в русской истории избирательную кампанию. Земский собор по предложению патриарха Иова «избрал» царём Годунова, но он трижды «отказывался» принять высшую власть, набивая себе цену. Народные толпы, согнанные приверженцами Годунова, трижды ходили к Новодевичьему монастырю, слёзно умоляя боярина быть государем. Наконец, «по массовым просьбам трудящихся» (как сказали бы четыре века спустя) тот явил милость и согласился занять опустевший трон.