Однако его царствование не было ни продолжительным, ни счастливым. (В чём все видели руку Божественного Провидения, карающего Бориса за злодеяния.) Слишком велика была катастрофа, постигшая Русь усилиями Ивана IV. Логика падения в пропасть продолжалась. По С.Ю. Шокареву: «Стабильность была достигнута благодаря мощному давлению государства на все сословия». И, по странной иронии судьбы, не свирепому и лютому Ивану IV, а «либеральному» Борису Годунову выпала сомнительная «честь» – сделать решающий шаг в сторону введения в России крепостного права – разумеется, в качестве «исключительной», «временной» и «чрезвычайной» меры. Хотя соответствующие указы не сохранились до нас, большинство историков сходятся на том, что на рубеже XVI–XVII столетий правительство Бориса Годунова во имя интересов дворянства и сбора налогов и стремясь остановить процесс разбегания крестьян, «временно» отменило на неопределённый срок право ухода крестьян от хозяев в Юрьев день. Налоги на крестьян были увеличены, а дворяне были освобождены от налогового бремени. Подобно Ивану IV, Годунов решительно опирался в своей политике на служилое дворянство. Одновременно было запрещено свободное перемещение посадских людей и усилено посадское «тягло» (налоги на горожан). Устанавливались «урочные годы» (сначала пять, а потом десять лет) – годы сыска, во время которых беглых возвращали их хозяевам. В этих мерах были заинтересованы не бояре – крупные вотчинники, переманивающие к себе крестьян на выгодных для них условиях, а дворяне – мелкие помещики, выжимающие все «соки» из своих немногочисленных крепостных.
Стремясь укрепиться на троне, Годунов раздавал деньги своим сторонникам, дал боярам гарантии от массовых репрессий (пообещав пять лет никого не казнить). Впрочем, главных своих конкурентов – бояр Романовых-Юрьевых он обвинил в «колдовстве», умышлении на свою жизнь и устранил (одни были тихо убиты, другие – насильно пострижены в монахи).
Внешняя политика Годунова включала в себя целенаправленное продвижение русских колонизаторов в Сибирь, строительство новых крепостей на южных рубежах Московии (Воронеж, Курск, Царицын, Саратов, Белгород), заключение долгосрочного мира с Крымом, Турцией и Речью Посполитой. Царь привлекал на Русь чужестранных купцов, мастеров и лекарей, поощряя протестантов (при нём была открыта кирха в Немецкой слободе) и создал отряд немцев-телохранителей. Западные наёмники составляли отныне наиболее боеспособную часть русской армии, а также большую часть её офицерского корпуса. Годунов также вёл обширное каменное строительство (архитектором Фёдором Конём была построена мощная крепость в Смоленске и знаменитый Белый Город в Москве) и пытался смягчить налоговый гнёт с опустевших со времён Ивана IV городов. Царь открыл ряд новых типографий и – впервые в истории Московской Руси – отправил нескольких дворянских отпрысков учиться за границу «для науки разных языков и грамотам». (Впрочем, не один из них не вернулся обратно в Московию, – все препочли остаться на Западе, а один даже стал видным протестантским пастором и богословом в Англии).
На фоне предыдущего лютого правления Ивана IV, залившего потоками крови страну, царствование Бориса Годунова кажется более мягким и либеральным. Однако, оно сумело лишь немного оттянуть, но не предотвратить неизбежное начало Смуты. И конец законной династии (а новая династия Годуновых в глазах знати и народа была нелегитимной, да ещё под подозрением в убийстве царевича Дмитрия) и нараставшее социальное напряжение, и политические конфликты, привели Бориса Годунова к краху. Бояре откровенно презирали его как «выскочку» и дворянского ставленника, крестьяне ненавидели его за введение крепостного права, отмену Юрьева дня и жестокую систему сыска, казаки на юге бунтовали, и всё население воспринимало Бориса как узурпатора трона и детоубийцу. Его власть воспринималась обществом как неправедная, нелегитимная и греховная. Все названные выше факторы неизбежно вели Московское государство к крушению, а общество – к взрыву. Однако, ускорила взрыв цепь трагических случайностей и совпадений, не зависящих от воли человека и поневоле заставивших современников подумать о Божьей каре, направленной на Годунова и на всю Русь.