В 1682 году, при царе Фёдоре Алексеевиче, пал важнейший бастион русской аристократии – местничество. Стремясь уравнять всех «подданных» в их полной зависимости от абсолютизма государя и оценивая их не по «роду», а по личной преданности монарху и идя навстречу настойчивым просьбам дворянства и приказной бюрократии, Фёдор Алексеевич повелел сжечь «разрядные книги», окончательно заменив аристократический принцип управления и назначения бюрократическим.
Чем больше укреплялся абсолютизм и чем меньшее значение имели «земские» и аристократические органы (Земские соборы, Боярская Дума, местное самоуправление), тем большее значение приобретала приказная бюрократия, навсегда ставшая отныне опорой русского самодержавия. В это время формируется постоянный состав приказов, круг их обязанностей. Чиновники (дьяки, подъячие) рекрутировались из бедных дворян, детей священников, постепенно складываясь в постоянное сословие со своими связями и интересами.
Чиновники получали денежный оклад, земельные владения, натуральные пожалования. Однако главным источником их дохода навсегда стали взятки («посулы», «почести», «поминки» – русский язык предлагал множество слов для их обозначения), позволяющие говорить о «доходных» и «недоходных» приказах. С этого времени «крапивное семя» чиновников – мздоимцев и душегубов – становится одним из главных героев русской народной культуры.
Бюрократические органы в центре и на местах стремительно «разбухают», увеличиваясь в численности и окончательно искореняя «земское» начало. За полвека (1640–1690) численность бюрократии в Московской Руси выросла в три раза (с 1611 человек до 4657), причём большинство её было сосредоточено в московских центральных приказах. Возникает множество новых приказов (Монастырский, Малороссийский), достигая общего числа в 50, причём их компетенция и задачи не были чётко разграничены, что вело к постоянным конфликтам и путанице, усугубляло волокиту и неразбериху. Дикие нравы чиновников XVII века породили, например, такую характерную и доселе актуальную пословицу: «Рыба рыбой сыта бывает, а человек человеком». Мздоимство, жадность и сутяжничество приказных – ведущие темы русских сатирических повестей XVII века.
Приказы являлись главными органами исполнительной власти, осуществляли административное и хозяйственное управление страной, решали все вопросы, начиная от внешней политики до военных и кадровых вопросов. Дьяки и подъячие, ведшие делопроизводство, обладающие опытом, знаниями и связями, постоянно возраставшие в числе, обретали всё больший вес в делах государства.
Приказы делились на патриаршие, дворцовые (они управляли хозяйствами патриарха и царя) и государственные (подразделявшиеся по территориальному и функционально-отраслевому принципу): Посольский, Разрядный, Поместный, Стрелецкий, Пушкарский, Рейтарский, Аптекарский, Сибирский, Приказ Казанского дворца и пр. В штате приказа могло насчитываться от нескольких человек до сотен. В 1664 году в 43 приказах насчитывались 771 человек, а в 1677 году в 38 приказах – уже 1702 человека! Дублирование функций, запутанность приказной системы и её неэффективность порождали чудовищную неразбериху, волокиту и взяточничество. Государь непосредственно вмешивался в рассмотрение всех важных дел, ибо приказная пирамида вела к его особе. Весь XVII век наблюдаются постоянные реформы и реорганизации приказов: их слияние, разделение, переподчинение, попытки централизации и упрощения приказной системы.
Был создан особый, наделённый чрезвычайными функциями приказ (с целью контроля и согласования всех органов и должностных лиц государства) – Приказ Тайных Дел. Этот приказ представлял собой личную канцелярию царя Алексея Михайловича, непосредственно подчинённую ему и ведавшую политической тайной полицией, царским хозяйством и кадровыми вопросами. Человек, сказавший «сакральную» формулу: «слово и дело государево», немедленно доставлялся в Приказ Тайных Дел и мог донести на любых известных ему «крамольников».
Городами управляли городовые воеводы, не получавшие жалованье из казны и кормившиеся за счёт подношений местного населения. (Что открывало головокружительные перспективы для обогащения и вполне легальных «злоупотреблений».) Задачами воевод было управление городами, сбор налогов, командование гарнизонами, суд над населением. Воевода подчинялся тому или иному приказу. Воеводство было делом исключительно прибыльным, а потому дворяне осаждали приказы просьбами поставить их в городах на воеводские должности (чудесная возможность улучшить своё материальное положение и избежать тягостной ратной службы). Отправиться на воеводство на языке XVII века означало «покорыстоваться» (за счёт вымогательств и подношений).