В 1648 году началось восстание запорожского казачества против засилья польских панов и католического духовенства. Запорожская Сечь была в Польско-литовско-русском государстве тем же, чем Дон в Московии – очагом восстания и то ли ненадёжным союзником, то ли приручённым противником. Всё переплелось в сложном сплаве гражданской войны и религиозной розни: межконфессиональный конфликт притесняемых православных низов и католических верхов, сопротивление крестьян закрепощению, борьба казачества за свои вольности и привилегии, негодование низов против евреев – ростовщиков и арендаторов (которым польская шляхта сдавала в аренду малороссийские земли), стремление украинской шляхты выкроить себе новое государство, ловко играя на противоречиях между Речью Посполитой, Турцией, Крымом, Россией и Швецией, на конфликтах между королём и литовскими магнатами… Политический, религиозный, социальный конфликты, слившись воедино, породили взрыв невероятной силы.
Во главе восстания встал жестокий, честолюбивый, энергичный, вероломный, красноречивый, беспринципный и властный запорожский гетман Богдан Хмельницкий, выдающийся полководец, дипломат и политик. Первоначально восстание проходило под лозунгами поддержки польского короля против своеволий шляхты и возвращения казацких прав (часть запорожского казачества получала от казны Речи Посполитой денежное содержание и имело автономию). Однако потоки пролитой с обеих сторон крови, поголовная резня еврейского населения (двести тысяч евреев были поголовно вырезаны восставшими казаками), ответные репрессии со стороны рассвирепевших польских панов во главе с князем Вишневецким, вторжение в Польско-Литовское государство крымских татар (союзников Хмельницкого, натравившего их Орду на Речь Посполитую), турок, шведов и русских привели к разорению страны и разделу Украины.
Подавив народное восстание и вернув холопов хозяевам – украинским шляхтичам, Хмельницкий вёл ловкую игру, поочерёдно и одновременно предлагая Украину то турецкому султану, то московскому царю, то шведскому королю. После его смерти различные группировки в казачьей верхушке устраивали заговоры и перевороты, заключали новые и новые договоры и совершали нескончаемые предательства. Русское самодержавие решило воспользоваться ситуацией, когда его главный противник был ослаблен, и вступило в игру. В 1653 году Земский собор принял решение о присоединении Левобережной Украины к Московскому царству и о нападении на Речь Посполитую. Русский царь отныне становился: «Всея Великия, Малыя и Белыя России самодержцем».
В 1658 году украинцы опомнились и попытались вернуться в состав Речи Посполитой в качестве автономии, заключив с ней соответствующий договор, однако было уже поздно. «Воссоединение Украины с Россией» (вокруг которого и по сей день существует столько красивых мифов!) обернулось на деле разорением и разделом Украины, преследованием религиозных иноверцев (теперь уже католиков и униатов православными), многолетними войнами и засильем царской администрации на захваченных землях. По словам Б. Кагарлицкого: «Тактическое соглашение с московским царём обернулось присоединением Украины к России на несколько столетий».
Война длилась до 1667 года и осложнялась вступлением в неё шведов и турок (русские, шведы, крымские татары, казаки и турки столкнулись теперь на многострадальной земле Речи Посполитой, как в Смутное время шведы с поляками столкнулись на территории Московии), борьбой промосковских, пропольских и протурецких группировок в казацкой среде. Надежда на создание независимого украинского государства обернулась полным опустошением страны и разделом Украины между Москвой, турками (захватившими Подолию) и поляками.
Вступление Левобережной Украины (и Киева на правом берегу Днепра) в состав России было оговорено целым рядом ограничений. Сохранялись широкая автономия Украины в составе Руси, привилегии украинской шляхты, самоуправление казачества, власть запорожского гетмана (вплоть до его права вести самостоятельную внешнюю политику). Номинальным покровителем и верховным государем Украины объявлялся московский царь в городах размещались царские воеводы и чиновники с гарнизонами. Впрочем, с самого начала московские власти стали в нарушение договора широко вмешиваться в украинские дела, поддерживать тех или иных ставленников на посту гетмана. Московские захватчики стремились прибрать к рукам Украину и поставить её под полный контроль центра. Логика самодержавного государства не могла допустить хотя бы частичной автономии или вольницы каких-либо территорий или сословий.