Уже Соборное Уложение 1649 года резко ограничило права церкви, остановив процесс роста церковного землевладения и зафиксировав создание особого государственного Монастырского приказа для контроля над церковью и суда над церковными людьми. Однако в первые годы правления Алексея Михайловича неуклонное следование «старине» по-прежнему отождествлялось с истинным благочестием, а во главе церкви был поставлен властный и энергичный патриарх Никон, бывший любимцем царя и получивший от него при поставлении в чин самые широкие полномочия.
Первоначально Никон ориентировался на существовавший в Москве среди духовенства и тесно связанный со двором кружок «ревнителей древнего благочестия», выступавший за строгое соблюдение всех обрядов, борьбу с язычеством паствы, широкое проповедничество в церковной жизни, повышение нравственного уровня духовенства. В числе главных членов кружка, помимо самого Никона, были духовник царя священник Иван Вонифатьев, священники Иван Неронов и Аввакум Петров.
Никон собирал мощи святых, укреплял церковную иерархию и дисциплину, налаживал контакты с зарубежными православными церквями, отстаивал полу-теократическую идею о том, что «священство выше царства», стремясь к независимости от тотального контроля со стороны царского престола. По настоянию Никона даже был канонизирован и перевезён в Москву замученный Иваном IV митрополит Филипп, а Алексей Михайлович был вынужден публично покаяться перед церковью за злодеяния по отношению к ней со стороны своего, столь любимого и чтимого им предшественника.
Однако вскоре Никон, побуждаемый царём и опираясь на всю мощь самодержавной власти, в своих действиях далеко вышел за рамки программы кружка «ревнителей древнего благочестия», члены которого стали его злейшими и непримиримыми противниками. Осознав противоречие между некоторыми греческими обрядами и обрядами, практиковавшимися в русской церкви и узаконенными Стоглавым собором, Никон круто и одним махом решил разрубить этот узел, повелев в 1653 году следовать греческим обрядам (например, креститься не двумя, а тремя перстами, петь в молитвах «аллилуйя» не дважды, а трижды, выбросить из храмов иконы, не соответствующие византийским канонам и т. д.).
Церковный собор 1654 года поддержал начавшуюся реформу. Далеко не случайно, что год начала никоновских реформ оказался годом присоединения к России Левобережной Украины. В жертву государственно-державному могуществу России уже давно были принесены свобода личности, самоуправление городов, аристократические представления, региональная самобытность. Теперь потребовалась новая жертва – мессианско-националистическая идея «Москвы – Третьего Рима» и остатки церковной независимости. По словам П.Н. Милюкова: «Русскому человеку в середине XVII века пришлось проклинать то, во что столетием раньше его учили свято веровать. Для только что пробуждённой совести переход был слишком резок». Ещё совсем недавно, на Стоглавом соборе 1551 года русская церковь решила считать Русь подлинным хранителем православной чистоты, а греков – жалкими отступниками, а теперь вот патриарх Никон (и стоящее за ним самодержавие) заявлял на церковном соборе: «Я хоть и русский, и сын русского, но вера моя и убеждения – греческие». Такой поворот «генеральной линии» потряс и оскорбил общество.
Никон мечтал о превращении России в теократическое государство, всемирную православную империю. Свою резиденцию под Москвой – роскошный и великолепный, хоть и безвкусный Воскресенский монастырь – Никон именовал «Новым Иерусалимом», перенеся топонимику Святой Земли (ручей Иордан, холмик Сион, деревня Капернаум) и знаменуя этим перемещение православной святости из Палестины в Россию. В глазах Никона авторитет восточной учёности и православных церквей Востока был непререкаем. Он полагал, что, если русское православие примет этот авторитет, другие православные народы, в свою очередь, примут власть русского царя и русского патриарха.