Неудивительно, что никоновская реформа крайне ослабила русскую церковь, сделав её безжизненной и покорной и отдав её как лёгкую и бессильную добычу в руки государства, оттолкнув всех неравнодушных и принципиальных людей в староверы. Никон заставил русский народ учиться православию у греков и украинцев, а вскоре Пётр I будет его заставлять учиться жить у голландцев и англичан; первый проложил путь второму. Трагедия церковного раскола XVII века оказалась преддверием ещё большей трагедии – глубочайшего и всеобъемлющего раскола русского общества в ходе петровских реформ начала XVIII века. Видя в Никоне и царе Алексее Михайловиче слуг и предтеч Антихриста, русский народ в Петре I явным образом «узнал» уже непосредственное явление самого этого Антихриста.
Породив старообрядчество, никоновская реформа сокрушила идеологию «Третьего Рима» и привела к растянувшейся на два с половиной столетия ожесточённой борьбе самодержавия со староверами (только в 1905 году, в ходе Первой Российской Революции их уравняют в правах с никонианами). Старообрядчество станет постоянной основой духовного и социального сопротивления общества власти, основой для народного религиозного сектантства (тогда как казённая официальная церковь скоро превратится в малоавторитетное, презираемое людьми, безжизненное бюрократическое учреждение, воспринимаемое населением, как нечто чуждое и навязанное ему «сверху»). Омертвение духовной жизни в официальной никоновской церкви будет сочетаться с интенсивным и напряжённым духовным поиском в народном религиозном сектантстве (доходящем до отрицания государственной власти и церковной иерархии у «беспоповцев» и духоборов).
Кризис национально-религиозной идентичности, массовые самосожжения староверов, ссылки, казни, усекания рук и языка, обессиливание церкви, восстания под религиозными лозунгами по всей стране – таковы лишь некоторые последствия никоновских реформ и порождённого ими церковного и общественного раскола.
В 1666 году (три шестёрки – знак Антихриста, на что не преминули обратить внимание старообрядцы!) староверы напряжённо ждали Конца света. И в самом деле, именно в этом году церковный собор окончательно подтвердил правильность никоновских реформ и навеки проклял всех их противников, сделав возврат к прошлому невозможным.
Но победа над оппонентами внутри церкви оказалась для Никона, как и для всей официальной церкви, «пирровой победой», обернувшейся сокрушительным поражением перед лицом натиска со стороны самодержавия. Очень скоро устав от никоновской независимости и своеволия, царь Алексей Михайлович охладел к своему давнему любимцу. Между патриархом и царём назрел конфликт, вызванный не только их личными особенностями (властностью патриарха и деспотизмом царя), но и самой жестокой логикой развития абсолютизма, не допускающей существования рядом с престолом духовно авторитетного и независимого главы церкви. В итоге, созванный Алексеем Михайловичем в 1666 году церковный собор (с участием патриархов восточных православных церквей), не только осудил и заклеймил староверов, но и – горькая и не случайная ирония судьбы! – низложил их главного гонителя строптивого патриарха Никона, заточив его в церковной темнице, и избрав патриархом покорного царю и покладистого бесцветного Иоасафа. После этого церковь, идущая «без Никона по никоновскому пути», становилась лёгкой добычей власти, а её уничтожение как самостоятельной организации и моральной силы в обществе и лишение богатств становилось вопросом времени (и было легко совершено Петром I и Екатериной II).
А, вынашиваемая три столетия, победившая на Стоглавом Соборе и вошедшая в массовое сознание и психологию после Смутного времени, официальная идеология Московского государства (идея «Третьего Рима»), служившая его основой и непреодолимой преградой для любых заимствований и нововведений, теперь рушилась. Её крах предвещал конец Московского царства и приближение Петербургской Империи.
Но рушилась и вера в «православного государя», покровителя церкви и отца народа. Глубоко символично, что монахи Соловецкого монастыря, в 1668 году отказавшиеся принять новые богослужебные книги, одновременно отказались и более молиться за здравие Алексея Михайловича. Восемь лет (до 1676 года), они героически сопротивлялись осаждавшей монастырь царской армии и, в конце концов, были перебиты, став, как и сожжённый на костре в городе Пустозёрске в 1682 году Аввакум, мучениками старообрядчества. К ним присоединились и замученные в Боровске голодной смертью за свои взгляды боярыня Феодосия Морозова и её сестра княгиня Евдокия Урусова, духовные дочери несгибаемого Аввакума.