Однако начало никоновской реформы, глубоко оскорбившей самые сокровенные чувства веровавших и показавшейся кощунственной подавляющему большинству русских людей, ознаменовало собой начало раскола церкви (а значит, и общества). Не останавливаясь ни перед чем, Никон энергично проводил свою реформу: рассылая новые, исправленные книги и иконы по регионам, запретив традиционное для Руси (но не принятое в Византии) шатровое храмовое строительство, ссылая своих противников и наказывая их плетьми, приказывая выкалывать глаза у ликов старых «неправильных» икон и подвергая их публичному поруганию. Но всё это означало, что раньше русские люди неправильно крестились, неправильно молились, неправильно исполняли обряды, почитали не те иконы? Именно то, в чём многие поколения, со времён Стоглавого собора, видели своё превосходство над всем миром – приверженность старине, отличие своей веры (обряда) от веры греков – было их ересью и заблуждением? Выходит, все русские святые – еретики? Тысячи и тысячи людей – почти все, кто хоть как-то неравнодушно и небезразлично, а всерьёз относился к вопросам веры – восстали против реформы Никона: крестьяне и посадские, стрельцы и священники, многие бояре и дворяне, казаки и купцы. Во главе староверов встал талантливый оратор и проповедник, величайший русский писатель XVII века, человек героического склада, несгибаемой воли и мученической судьбы протопоп Аввакум Петров. Аввакум так образно передал ощущения приверженцев старины в начале никоновских реформ: «Задумалися, сошедшися, между собою, видим яко зима хочет быти: сердце озябло и ноги задрожали».
Одни староверы прямо бесстрашно обличали «никоновскую ересь» (и за это ссылались в отдалённые места, лишались языков и рук – чтобы не могли более хулить Никона и не могли креститься более двумя перстами). Другие убегали в глухие северные и сибирские края, создавая свои скиты. Третьи тихо роптали и мечтали о старых временах. Во всех городах возникло обширное старообрядческое «подполье». Никоновская реформа, сочетаясь с ухудшением жизни народа и всеобщим закрепощением, воспринималась как чудовищное насилие над всем народом, явный знак скорого пришествия Антихриста, падения Третьего Рима и испытание для православных на прочность их веры. За изменением обряда население увидело измену вере. Тысячи самоотверженных мучеников спешили пострадать за веру от гонителей-никониан, порождая новых и новых восторженных последователей. По всей стране появляется обширная старообрядческая публицистика против реформы: памфлеты, послания, жития. Тысячи староверов исповедовали необходимость «крещения огнём» – второго после «крещения водой» и устраивали добровольные «гари» – самосожжения, чая этим обрести себе спасение души и Царствие Небесное. По словам известного философа начала XX века Николая Бердяева: «Сознание богооставленности царства было главным движущим мотивом раскола».
Старообрядчество стало идейным воплощением социального протеста, обрядоверия, неравнодушного отношения людей к своей вере, сопротивления общества государственному насилию, сопротивления духовенства государственному гнёту и унификации, мессианско-эсхатологических настроений (напряжённого ожидания скорого Конца Света), народного стремления к возрождению церкви и её освобождению из пут омертвляющего государственного контроля. И вместе с тем, в старообрядчестве проявлялись консервативный фанатизм и узкий национализм населения. За староверами стояло большинство русского народа.
За Никоном же стояли греческая и украинская учёность, мощь абсолютизма (с его насущными государственными потребностями в церковной реформе), а также наиболее беспринципно и конформистски настроенная часть церкви. Значительная часть населения оставалась безразличной к вопросам веры, тогда как все небезразличные ушли в староверы (часто проявляя при этом фанатизм и обскурантизм).
В высшей степени характерен и показателен для характеристики никонианской церкви ответ келаря придворного Новоспасского монастыря в Москве Иоакима на вопрос со стороны царя Алексея Михайловича: как он верует? Иоаким ответил: «Аз-де, государь, не знаю ни старая веры, ни новыя, но, что велят начальники, то и готов творити и слушати их во всём». (Впоследствии он станет патриархом, возглавит церковь и инстинктивно начнёт свирепые гонения на вольнодумцев и иноземцев.)