В 1650 году произошло новое значительное восстание, охватившее такие древние центры вечевой демократии, как Псков и Новгород. Восстание было вызвано тем, что правительство, конфисковав у голодавшего населения хлеб и тем обрекая его на смерть, собиралось отправить его в дружественную Швецию (чтобы поддержать её после потрясений Тридцатилетней войны), а также начало спекуляцию зерном втридорога. Возмущённые подобным цинизмом и бесчеловечностью псковичи и новгородцы, вспомнив о своих вечевых традициях, изгнали царских воевод, задержали вывозимый у них хлеб, восстановили народные собрания и избрали вечевые органы местного самоуправления. Не в силах подавить восстание в Пскове (в Новгороде оно было с трудом подавлено при помощи царских войск и благодаря энергичным действиям местного митрополита (будущего патриарха) Никона, отлучившего бунтующих горожан от церкви), Алексей Михайлович вновь созвал в 1650 году Земский Собор, который вступил с восставшими псковичами в переговоры и уговорил их покориться царю и принять обратно царскую администрацию на условиях амнистии горожан.
25 июня 1662 года произошло ещё одно крупное восстание в Москве, получившее название «Медного бунта». Его главной причиной послужило то, что власти, ведущие войну с Речью Посполитой, решили в очередной раз пополнить казну за счёт народа, запустив в полную силу механизм инфляции: в оборот была пущена огромная масса медных денег (формально приравненных к серебряным), которыми выдавали жалованье, тогда как налоги взимали в серебряных монетах. Подобная махинация со стороны самодержавия породила чудовищную дороговизну продуктов и расцвет фальшивомонетчиков (тесно связанных с царской роднёй и потому почти безнаказанных). За один серебряный рубль давали пятнадцать медных. В распространившихся по Москве памфлетах и «прокламациях» посадские люди требовали отменить медные деньги, казнить фальшивомонетчиков и снизить непосильные налоги.
Огромная толпа москвичей явилась с соответствующими просьбами к царю в его резиденцию в подмосковном селе Коломенском. С Алексеем Михайловичем «били по рукам», – он лживо обещал удовлетворить все требования.
Но тут подошла новая большая толпа решительно настроенных горожан, потребовавшая на расправу неугодных бояр. Не доверяя царскому суду, люди больше рассчитывали в XVII веке на свой, народный, скорый и жестокий, суд. Однако одновременно государю удалось подтянуть стрелецкие полки, которые по приказу «Тишайшего» правителя начали резню поверивших ему подданных. На месте были перебиты три тысячи человек; ещё семь тысяч казнены позднее; а ещё пятнадцати тысячам москвичей по приказу государя были отсечены руки и ноги с конфискацией их имущества. Таким образом, была репрессирована почти четверть жителей столицы! Выжившие столичные жители надолго запомнили эту страшную расправу. Тем не менее, медные деньги царь отменил.
В 1668–1676 годах происходило, всколыхнувшее всю Россию, восстание монахов Соловецкого монастыря – одной из главных православных святынь Московии. Монахи мужественно боролись за старую веру, сидя в осаде восемь лет. В конце концов, благодаря предательству, царские войска ворвались в монастырь и перебили монахов.
Наиболее значительным и грозным народным выступлением XVII века (после Смуты) была великая крестьянская война под руководством донского казачьего атамана Степана Тимофеевича Разина (1670 год). Разин был отважным и талантливым полководцем, жестоким и энергичным народным вождём, оставившем по себе долгую и благодарную память в сознании народа. Начав с удачных грабительских «походов за зипунами» 1667–1669 годов в Персию и набрав себе войско из «голытьбы» (бедных казаков), популярный предводитель казаков объявил в 1670 году настоящую войну московским боярам, дьякам, купцам и воеводам. Он двинулся с Дона вверх по Волге во главе всё растущего победоносного войска, достигшего нескольких десятков тысяч человек.
Разин рассылал по всей стране агитационные «прелестные письма», призывая народ избивать бояр, воевод и дворян, жечь кабальные грамоты, отменять налоги и крепостную неволю и организовывать жизнь по вольному казацкому обычаю – на основах самоуправления и прямой демократии, с выборными атаманами. Эта программа была восторженно поддержана почти всеми жителями Московии: посадскими людьми, открывавшими ему крепости, стрельцами, переходившими на его сторону, крестьянами, потоком вливавшимися в его войско. В восстании активно использовалась как традиционная идея самозванчества (Разин, якобы, вёз с собой на струге царевича Алексея Алексеевича, мифического сына царя), так и религиозные лозунги (в восстании активно участвовали староверы). За Степаном Разиным и донскими казаками поднялись посадские люди поволжских городов (восставшая Астрахань держалась два года!), порабощённые колонизаторами народы Поволжья, крепостные центральной России. Поволжье, часть только что захваченной Украины, Дон, центр России бушевали огнём народных восстаний, громивших помещичьи имения. Повсюду действовали партизанские отряды повстанцев.