Первой на театр военных действий прибывает армия Кутузова. Она должна соединиться с австрийской армией Макка. Но Наполеон опережает союзников. 20 октября в Ульме он вынуждает австрийцев капитулировать и идет навстречу русским. Положение Кутузова очень сложное. Армии, которую должен поддерживать, больше не существует, а сам он внезапно становится главнокомандующим всеми силами союзников. В связи с этим он считает своим долгом защищать Вену, но, как русский генерал, должен уберечь собственную армию от разгрома. Кутузов решает оставить линию Инны и отступать к австрийской столице под прикрытием арьергарда Багратиона. К нему поступает странный приказ Франца II, в котором он предписывает австрийским войскам Мерфельда отступать к Вене, а Кутузову во что бы то ни стало держаться на Эннсе. Отношения между русскими и союзником весьма прохладные, и Кутузов подозревает, что, деморализованный, он собирается заключить мир. Кутузов не намерен приносить свою армию в жертву, поэтому отступает к Кремсу.
В этот момент становится понятен маневр Наполеона. Пока Даву и Мармон наступают на Санкт-Пельтен, стараясь настичь левое крыло русских, Мортье переправляется на левый берег Дуная и продвигается в надежде зайти в тыл правому флангу Кутузова и отсечь ему путь к отступлению. 5 ноября Даву атакует при Амштеттене австрийские войска Мерфельда и русские Багратиона. Силы союзников быстро опрокинуты, но генерал ожесточенно сопротивляется. «Мюрат встретил серьезную преграду лишь 5 ноября при Амштеттене. Наша кавалерия, необдуманно брошенная в лес, была отброшена, потеряв триста человек убитыми и пленными. При известии об этом Мюрат, не узнававший австрийцев, заметил, что имеет дело с другими людьми. Подоспел Удино со своими гренадерами, и с этого момента началась борьба между русской и французской доблестью. В этой первой схватке две тысячи русских были убиты или взяты в плен, но ни один не сдался добровольно. Раненные, обезоруженные, поваленные на землю, они продолжали защищаться, даже пытались атаковать нас. Когда бой закончился, нам, чтобы привести несколько сотен пленных, пришлось колоть их штыками и оглушать ударами прикладов» (Сегюр).
Видя, что кольцо окружения сжимается, Кутузов неожиданно преодолевает Дунай у Маутерна. Теперь, когда его и Наполеона разделяет река, генерал использует свое превосходство над Мортье и атакует того 11 ноября при Дюрренштейне (Кремсе). Зажатый в тиски между Милорадовичем и Дохтуровым, француз несет тяжелые потери, но ему удается прорваться. Кутузов останавливает бой. Наполеон моментально реагирует на этот маневр противника. Мюрат намерен внезапным ударом захватить мосты возле Вены, преодолеть Дунай и у Цнайма отрезать Кутузову путь к отступлению, в то время как Бернадот и Мортье будут преследовать русскую армию по пятам. Введя в заблуждение австрийцев, путем распространения слухов о якобы заключенном перемирии, Мюрат овладевает мостами и продвигается к Цнайму. Кутузов понимает опасность ситуации. Выделив Багратиону корпус, он приказывает тому задержать Мюрата у Голлабрюнна, пока основные силы армии отойдут к Порлитцу. Задачу Кутузову облегчит ошибка, допущенная Мюратом. Полагая, что не может успешно атаковать Багратиона, пока не сосредоточит все свои силы, он повторяет хитрость о будто бы заключенном перемирии. Багратион поддерживает игру, что позволяет Кутузову, войска которого 15-го совершили 56-километровый переход, достичь Эзельдорфа. Разъяренный Наполеон приказывает Мюрату немедленно атаковать. 16 ноября Багратион держит оборону на рубеже между Голлабрюнном и Шенграбеном. Он спасает армию. «…Запоздалая и кровопролитная атака, в которой Багратион приносит в жертву две трети семитысячного отряда русских, которым он командовал, на шесть часов остановила продвижение двадцатипятитысячной армии. Это была жуткая бойня; мы победили, но, когда на следующий день пришли в Цнайм, Кутузова там уже не оказалось!» (Сегюр). 18 ноября Багратион соединяется с основными силами в Порлитце, 19-го в Бихау с войсками Буксгевдена, а через несколько дней в Ольмюце Кутузов встречает Александра с гвардией.