В долину Алая Ионов пришел с двумя колоннами, достаточно натерпевшимися лишений в горах. Китайцев, вернувшихся весной к Ранг-кулю, прогнали за Сарыкол и у слияния рек Ак-Су и Акбайтала заложили первый «Памирский пост». Затем начали ликвидировать китайские и афганские посты на Памире. Полусотня казаков и рота с капитаном Скерским выгнала китайцев из крепостцы Ак-Таш и срыла ее верки до основания.
Остальной отряд с самим Ионовым во главе, сделав несколько форсированных переходов, окружил внезапно афганский пост у оз. Яшиль-куль в крепостце Сумэ-Таш. На предложение Ионова выйти для переговоров без оружия афганский капитан Гулям-Хайдер-хан явился с вооруженным постом. По словам одного из участников, «афганцы, одетые в красные мундиры, с заряженными снайдеровскими ружьями, имели весьма внушительный вид». Ионов предложил капитану уйти с нашего Памира. Афганец объявил, что это афганская земля. Ионов предложил сложить оружие. Афганец отвечал, что никогда рабом не будет и что оружие можно снять с него только с мертвого.
Тогда Ионов приказал взводу казаков обезоружить афганцев. Произошла яростная рукопашная схватка, в которой наши взяли верх. По словам очевидца: «Не прошло и пяти минут среди ружейной трескотни, лязганья шашек, стонов и криков, как афганского поста не стало, и начальник его с пробитой головой лежал на камнях под яром». Часть афганцев была перебита, а часть взята в плен.
Надо сказать, что полковник Ионов по собственной инициативе решил освободить, даже силой, юго-западный Памир (до р. Пяндж) от афганцев, потому что инструкции, данные ему, определяли район его действий только к северу от Мургаба. Однако Ионову запретили двигаться дальше в афганскую сторону, зато разрешили действовать против китайцев.
Аборигены восточной и центральной части Памира, киргизы, охотно помогали нам и против афганцев, и против китайцев, но больше симпатизировали все-таки китайцам. Их помощь была весьма кстати, так как малые денежные средства, выделенные Ионову на экспедицию, мешали нам широко развернуть на Памире разведку. Китайцы всюду бежали от нас, но после нашего ухода опять возвращались.
Тем временем «Памирский пост» был обращен военным инженером штабс-капитаном Серебряниковым в укрепление. Гарнизон поместился в юртах, обмазанных глиной, с железными печами, пока не были построены землянки, а позже и бараки из сырцового кирпича. Отряд, оставленный здесь на зимовку (160 пехотинцев, 40 казаков под командованием капитана Генерального штаба Кузнецова), был назван Шаджанским. 25 августа остальные силы отошли в Фергану, построив по дороге промежуточный этап, у оз. Шор-куля, в виде укрепления из земляных мешков. У северного края Памира Ионова нагнал афганский майор с письмом от афганского губернатора, ведавшего районом, пограничным с Памиром с протестом против русских претензий на весь Памир.
А на «Памирском посту» между тем организовали разведку и завязали сношения с соседями. Оказалось, что на китайцев можно влиять и без оружия, а с афганцами нужны более крутые меры.
С весны 1893 г. афганцы стали бесцеремонно хозяйничать в ханствах Западного Памира (Шугнане и Рошане). Для поверки этого факта была послана разведпартия С. П. Ванновского с крохотным конвоем (два пехотинца и 16 казаков при двух офицерах). Их направили в Рошан и Дарвоз, приказав собрать сведения и о Шугнане. Разъезд преодолел невероятные трудности в диких горах, где еще не ступала нога европейца.
Когда Ванновский спустился по ущелью р. Бартанг (Мургаб Памирский), почти к Пянджу (Верхняя Амударья), афганцы (65 человек), выступив ему навстречу из крепости Кала-и-Вамар, расположенной на берегу, 27 августа 1893 г. преградили ему путь у селения Имца (в долине р. Бартанг). Три дня длились бесплодные переговоры. И афганцы, и русские стали получать подкрепления, а к северной окраине Памира был даже придвинут резерв памирских постов и отрядов. 30-го произошла между противниками перестрелка, стоившая афганцам чувствительных потерь. Но бой был прекращен с получением от баракшанского губернатора пропуска для русских. Это дало возможность нам осмотреть северо-западный участок Памира после отхода оттуда афганцев.
Весной 1894 г. афганцы, подстрекаемые Англией, снова заняли запад Памира, ханства Рошан и Шугнан. Тогда Ионов, к тому времени уже генерал, начальник всех памирских отрядов, направил разъезды в юго-западный угол Памира, вниз по рекам Гунт и Шахдарья, соединив их постами. Другие разъезды пошли по прочим рекам, рассекающим западный Памир до Пянджа — по рекам Ванч, Язгугам и Бартанг.
Разъезд капитанов Скерского и Серебряникова, шедший по берегу Шахдарьи, был встречен с восторгом в Шугнане, где афганцы держали пост. Надо сказать, что до этого здесь европейцев никогда не было.