В декабре 1936 года VII Чрезвычайный Съезд Советов издал новую Конституцию СССР, провозгласившую политические и гражданские свободы, в том числе свободу совести, предоставившую равные права всем гражданам, включая "служителей культа". Конституция породила в умах многих людей надежды на прекращение практики незаконных репрессий, на широкую демократизацию общества.
На деле, однако, издание новой Конституции явилось прологом к неслыханному разгулу террора, получившему по имени наркома внутренних дел название "ежовщины"; жертвой репрессий пали миллионы людей, принадлежавших к самым разным общественным слоям носители разных мировоззрений: политические и государственные деятели, военачальники, дипломаты, ученые, литераторы, рядовые крестьяне, рабочие и служащие. Террор 1937 года, который с затуханием продолжался в 1938–39 годы, залил страну кровью.
Новый чудовищный удар нанесен был в эти страшные годы по Русской Православной Церкви.
Пятилетний план "Союза воинствующих безбожников", поставившего своей целью искоренение религий в нашей стране, провалился. Перепись 1937 года, в которую включен был и вопрос о религиозных убеждениях, обнаружила, что 2/3 сельского населения, составлявшего тогда большинство, и 1/3 городского продолжают считать себя верующими. После переписи "Союз воинствующих безбожников", насчитывавший более 5 миллионов членов, был подвергнут чистке, в результате которой из него вышла половина его членов, многие из которых были незаконно репрессированы, отправлены в лагеря и расстреляны.
Для "преодоления религии" выбран был иной метод, считавшийся более надежным, чем пропаганда, — метод репрессий. В одном только 1937 году было закрыто более 8 тысяч церквей. Предлогом для закрытия могло послужить все что угодно, например, то обстоятельство, что на расстоянии менее 1 км от храма находится школа, а чаще всего — арест священнослужителей или кого-либо из членов приходского совета — "двадцатки". Достаточно было обвинения против одного из членов "двадцатки", чтобы общину объявить распущенной.
В 1937 году аресты охватили большую часть духовенства, на этот раз они не миновали и обновленцев. Арестованным, как это принято было тогда, предъявляли самые вздорные, фантастические обвинения: в заговорах, шпионаже, саботаже, терроре. Архиепископа Смоленского Серафима (Остроумова) обвинили в том, что он возглавил банду контрреволюционеров. Подобные обвинения предъявлены были митрополиту Нижегородскому Феофану (Тулякову), епископу Орловскому Иннокентию (Никифорову). Арестованных епископов чаще всего расстреливали. Так, в 1936–39 годах погибли митрополиты Серафим (Чичагов), Серафим (Мещеряков), Константин (Дьяков), Серафим (Александров), Евгений (Зернов), архиепископ Питирим (Крылов), епископы Варфоломей (Ремов), Никон (Гурлевский), Никон (Лебедев). В 1938 году в застенках НКВД скончался митрополит Анатолий (Грисюк). Погибли и отделившиеся от Заместителя Местоблюстителя архиереи: митрополит Иосиф (Петровых), архиепископ Димитрий (Любимов), епископ Дамаскин (Цедрик).
В 1937 году были расстреляны протопресвитеры Николай Арсеньев и Александр Хотовицкий — в прошлом настоятель и ключарь храма Христа Спасителя в Москве. В лагерях погибли выдающийся богослов и философ священник Павел Флоренский, крупнейший русский патролог профессор Московской духовной академии И. В. Попов, широко известный издатель "Религиозно–нравственной библиотеки" профессор М. А. Новоселов и тысячи менее известных священнослужителей и церковных деятелей.
Подавляющее большинство из тех священнослужителей, которые остались в живых, находились в тюрьмах, лагерях и ссылке. Церковная организация была разгромлена.
В 1939 году из архиереев на своих кафедрах оставались Глава Церкви — митрополит Московский Сергий, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), архиепископ Петергофский Николай (Ярушевич), управляющий Новгородской и Псковской епархиями, и архиепископ Дмитровский Сергий (Воскресенский).
Несколько архиереев совершали богослужения как настоятели храмов. Так, епископ Астраханский Андрей (Комаров), уволенный в апреле 1939 года на покой, в октябре того же года был назначен на место приходского священника в город Куйбышев. Вся церковная жизнь Куйбышевской епархии сосредоточена была тогда вокруг одной этой церкви.
К 1939 году во всей России осталось лишь около 100 соборных и приходских храмов. На Украине сохранилось 3% из числа дореволюционных приходов. Во всей Киевской епархии в 1940 году оставалось два прихода с тремя священниками, одним диаконом и двумя псаломщиками, в то время как в 1917 году епархия насчитывала 1710 церквей, 23 монастыря, 1435 священников, 277 диаконов, 1410 псаломщиков, 5193 монашествующих.