В начале войны в Ленинграде оставалось 5 действующих православных церквей: Никольский Морской собор, Князь–Владимирский и Преображенский соборы и две кладбищенские церкви. Храмы города были переполнены молящимися и причастниками. Даже в будние дни подавались горы записок о здравии и о упокоении. Температура в храмах опускалась часто ниже нуля. Певчие пели в пальто, в валенках, от голода едва держались на ногах. Из-за несмолкаемого обстрела, от взрывов бомб окна в храмах нередко бывали выбиты воздушной волной, и по церквам гулял морозный ветер. Митрополит Алексий жил при Никольском соборе и служил в нем каждое воскресенье, часто без диакона.
Своими проповедями и посланиями он вливал в души исстрадавшихся питерцев мужество и надежду. В вербное воскресенье в ленинградских церквях было прочитано его архипастырское обращение, в котором он призвал верующих самоотверженно помогать воинам честной работой в тылу: "Победа достигается силой не одного оружия, а силой всеобщего подъема и могучей веры в победу, упованием на Бога, венчающего торжеством оружие правды, "спасающего" нас "от малодушия и от бури" (Пс. 54, 8). И само воинство наше сильно не одною численностью и мощью оружия, в него переливается и зажигает сердца воинов тот дух единения и воодушевления, которым живет теперь весь русский народ".
По всей стране в православных храмах служились молебны о даровании победы. Ежедневно за богослужением возносилась молитва "О еже подати силу неослабну, непреобориму и победительну, крепость же и мужество с храбростью воинству нашему на сокрушение врагов и супостат наших и всех хитрообразных их наветов…"
В приходах проводился сбор средств на нужды обороны, на подарки бойцам, на содержание раненых в госпиталях и сирот в детских домах. 30 декабря 1942 года митрополит Сергий обратился к пастве с призывом собрать средства на сооружение колонны имени Димитрия Донского. В ответ на призыв Первоиерарха в Московском Богоявленском соборе духовенством и мирянами собрано было более 400 тысяч рублей. Вся церковная Москва собрала свыше 2 миллионов рублей, в блокадном голодном Ленинграде православные собрали один миллион рублей на нужды армии; в Куйбышеве стариками и женщинами было пожертвовано 650 тысяч. В Тобольске один из жертвователей принес 12 тысяч рублей и пожелал остаться неизвестным. Житель села Чебаркуль Челябинской области Михаил Александрович Водолаев написал в Патриархию: "Я престарелый, бездетный, всей душой присоединяюсь к призыву митрополита Сергия и вношу 1000 рублей из своих трудовых сбережений, с молитвой о скорейшем изгнании врага из священных пределов нашей земли". Заштатный священник Калининской епархии Михаил Михайлович Колоколов пожертвовал на танковую колонну священнический крест, 4 серебряные ризы с икон, серебряную ложку и все свои облигации. Всего на танковую колонну собрано было более 8 миллионов рублей. В Новосибирске православные клирики и миряне отдали 110 тыс на строительство самолетов Сибирской эскадрильи "За Родину". В один ленинградский храм неизвестные богомольцы принесли пакет и положили его у иконы святителя Николая. В пакете оказалось 150 золотых десятирублевых монет царской чеканки. Всего за войну по приходам собрано было более 200 миллионов рублей на нужды фронта. Кроме денег, верующие собирали также теплые вещи для солдат: валенки, рукавицы, телогрейки.
Война стоила нашей Родине гибели 25 миллионов ее сынов и дочерей, среди которых были миллионы православных. Русская Церковь потеряла прекрасные храмы, разрушенные артиллерийскими обстрелами, взорванные бомбами; уцелевшие церкви на освобожденных территориях были опустошены, разграблены; святыни осквернены. Уничтожена была вековая святыня русского народа — Успенский собор Киево–Печерской Лавры. Экзарх Украины митрополит Николай писал: "Нельзя без пронизывающей все внутреннее существо скорби смотреть на груду развалин, высящихся на месте взорванной немцами… Великой Лаврской Церкви, или Успенского собора, созданного в XII веке гением бессмертных строителей… Перед взрывом собора немцы вывозили ценности в крытых грузовиках… Так называемая "Верхняя Лавра" разрушена немцами полностью. Кроме Успенского собора их рукой ограблены и разбиты церкви: Больничная Никольская, Трапезная и все 33 монастырских корпуса".