Собор архиереев, съехавшихся 28 марта в Ульяновск, своим "Определением" признал заключение Местоблюстителя канонически правильным и утвердил его, объявив: "Если (чего мы не желаем) епископ Поликарп, "впадая в суд диаволь" пренебрежет запрещением, признать епископа Поликарпа лишившим себя сана и монашества и всякого духовного звания с самого момента им запрещения".
22 сентября 1942 года митрополит Сергий запретил священнослужение митрополиту Литовскому Сергию (Воскресенскому), который вместе с другими православными епископами оккупированной Прибалтики поздравлял Гитлера с военными успехами. Поведение митрополита Сергия (Воскресенского) объяснялось, очевидно, не его приверженностью фашизму, а политическим расчетом, стремлением сохранить легальную церковную организацию. По словам очевидца, митрополит Сергий (Воскресенский) говорил близким ему людям: "Не таких обманывали…, а этих колбасников обмануть нетрудно". Перед отступлением немецких войск из Прибалтики он начал готовить приходы к неизбежным переменам, но 30 апреля 1944 года был убит на дороге в своем автомобиле.
В декабре 1942 года, после решительного перелома на фронтах второй мировой войны, митрополит Сергий от лица Русской Православной Церкви обратился к румынским пастырям и православному румынскому народу, втянутому в войну с единоверной Россией, с призывом отречься от пагубного союза с Германией: "Неужели и теперь, когда война склоняется к концу, явно плачевному для Гитлера, Румыния все еще будет нести тяжкое бремя подневольного союза с Гитлером и продолжать воевать с русским народом, с которым румыны связаны узами христианского братства?"
Грозная опасность, нависшая над самим существованием нашего государства, необходимость всенародного единения для победы над врагом, патриотическая позиция Русской Церкви побудили Советское правительство к изменению религиозной политики. Начали открываться приходы, закрытые в 30–е годы; многие из оставшихся в живых священнослужителей были осюбождены из лагерей и смогли возобновить служение в храмах. Возобновились архиерейские хиротонии. В 1942 году были хиротонисаны предварительно постриженные в монахи вдовые протоиереи: Сергий Городцев (в монашестве и епископстве Варфоломей), Владимир Градусов (в монашестве Димитрий), Николай Чуков (епископ Григорий). В советской печати практически прекратилась антирелигиозная полемика. Журналы, издаваемые "Союзом воинствующих безбожников", перестали выходить за недостатком бумаги, и даже сам Союз прекратил свое существование без его официального роспуска. Были закрыты и некоторые антирелигиозные музеи. Свидетельством признания патриотических заслуг духовенства со стороны Правительства явилось назначение митрополита Киевского Николая членом Чрезвычайной Государственной Комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко–фашистских захватчиков и их сообщников.