31 августа 1943 года Глава Русской Церкви митрополит Сергий возвратился из Ульяновска в Москву, от которой к тому времени фронт откатился далеко на Запад. Вскоре в столицу прибыл и митрополит Ленинградский Алексий. 4 сентября митрополиты Сергий, Алексий и Николай были приглашены в Кремль для встречи с Председателем Совнаркома И. В. Сталиным. Состоялась беседа, в которой принял участие и заместитель Главы Правительства В. М. Молотов. Беседу начал Молотов. Он сказал, что Правительство хочет знать нужды Церкви. В одной из современных публикаций воспроизводится описание этой беседы, сделанное А. Э. Красновым–Левитиным, который о содержании ее мог узнать со слов митрополита Николая. "Митрополит (Сергий — В. Ц.) заговорил спокойно, слегка заикаясь, деловым тоном человека, привыкшего говорить о серьезных вещах с самыми высокопоставленными людьми. Когда Сталин был семинаристом, митрополит Сергий был уже в сане епископа, ректором Петербургской духовной академии. Митрополит указал на необходимость широкого открытия храмов, количество которых совершенно не удовлетворяет религиозные потребности народа. Он также заявил о необходимости созыва Собора и выборов Патриарха. Наконец, он заявил о необходимости широкого открытия духовных учебных заведений, так как у Церкви отсутствуют кадры священнослужителей. Здесь Сталин неожиданно прервал молчание: "А почему у вас нет кадров?" — спросил он, вынув изо рта трубку и в упор глядя на своих собеседников. Алексий и Николай смутились…, всем было известно, что кадры "перебиты" в лагерях. Но митрополит Сергий не смутился. Старик ответил: "Кадров у нас нет по разным причинам. Одна из них: мы готовим священника, а он становится Маршалом Советского Союза". Довольная усмешка тронула уста диктатора. Он сказал: "Да, да, как же. Я семинарист. Слышал тогда и о Вас". Затем он стал вспоминать семинарские годы… Сказал, что мать его до самой смерти сожалела, что он не стал священником. Разговор диктатора с митрополитом принял непринужденный характер. Затем после чаепития началась деловая беседа, затянувшаяся до трех часов ночи. В ней, помимо Сталина и Молотова, участвовали также технические эксперты. Беседу эту можно назвать в полном смысле этого слова исторической… В тот момент, после десятилетий террора, направленного против Церкви, новый порядок являлся, несомненно, прогрессивным шагом, так как означал возможность легального существования Православной Церкви. В конце беседы престарелый, больной митрополит был страшно утомлен… Сталин, взяв митрополита под руку, осторожно, как настоящий иподиакон, свел его по лестнице вниз и сказал ему на прощание следующую фразу: "Владыко! Это все, что я могу в настоящее время для Вас сделать". И с этими словами простился с иерархами.
Архиерейский Собор состоялся 4 дня спустя после беседы в Кремле — 8 сентября 1943 года. В деяниях Собора, проходившего в здании Патриархии, участвовало 19 архиереев: митрополиты Сергий, Алексий и Николай, архиепископы — Горьковский Сергий (Гришин), Красноярский Лука (Войно Ясенецкий), Рязанский Алексий (Сергеев), Казанский Андрей (Комаров), Ярославский Иоанн (Соколов), Уфимский Стефан (Проценко), Саратовский Григорий (Чуков), Куйбышевский Алексий (Галицын), Можайский Варфоломей (Городцев), Калининский Василий (Ратмиров), Сарагульский Иоанн (Братолюбов), епископы Калужский Питирим (Свиридов), Кировский Вениамин (Тихоницкий), Ростовский Елевферий (Воронцов), Моло товский Александр (Толстопятое) и Ульяновский Димитрий (Градусов). Некоторые из них доставлены были в Москву из лагерей и ссылок.
Митрополит Сергий выступил на Соборе с докладом о патриотическом служении Церкви в Великую Отечественную войну. Первоочередным делом Собора было избрание Патриарха. Слово взял митрополит Алексий: "Уже давно среди нас, епископов, — сказал он, — зрел вопрос о том, что необходимо довершить строительство церковное настоящим возглавлением Православной Русской Церкви — Святейшим Патриархом. Владыка митрополит Сергий в течение 17 лет фактически несет обязанности Патриарха. Я думаю, что этот вопрос бесконечно облегчается для нас тем, что у нас имеется уже носитель Патриарших полномочий, поэтому я полагаю, что никто из нас, епископов, не мыслит себе другого кандидата, кроме того, который положил столько трудов для Церкви в звании Патриаршего Местоблюстителя". Предложение было встречено единодушным одобрением.
В ответ на свое избрание митрополит Сергий сказал: "Это избрание меня Патриархом будет продолжением того служения, которое пало на меня много лет назад, но теперь оно делается более ответственным, потому что сопровождается такой необычайной почетностью, которая требует и необычайного исполнения этого служения. Я благодарю за то, что вы остановились на мне и вручаете мне продолжение служения в новом звании. Прошу у всех молитв и всяческого содействия".