Особенно страшным разрушениям подверглись храмы в окрестностях Ленинграда. Митрополит Алексий, посетив их после освобождения, писал: "Прекрасный Петергофский собор стоит с разобранными куполами, с которых немцы содрали золотые листы, с разбитыми стенами, зияющими окнами. Говорят, они простреливали из пистолетов иконы в Петергофском соборе. Другие церкви представляют еще более удручающее зрелище. Разбита церковь бывшего Серафимо–Дивеевского подворья, совершенно разрушена кладбищенская церковь в Старом Петергофе. Там собрались, спасаясь от бомбежки, верующие… Теперь как памятник позорного фашистского злодейства лежит на земле огромная груда красных кирпичей, напоенных кровью русских жертв германского зверства". Под сводами разрушенной Троицкой церкви в старом Петергофе погибло свыше 2 тысяч человек.
Немцы взорвали великолепный Воскресенский собор Ново–Иерусалимского монастыря под Москвой. Жители занятых территорий рассказывали, как оккупанты врывались в православные храмы, сбивая замки, в шапках, с сигаретами в зубах и с собаками на поводу; как стреляли в иконостасы, грабили и оскверняли иконы. Во Ржеве перед отступлением немцы согнали всех оставшихся в живых горожан в Покровскую церковь, закрыли храм на засов и заминировали его, чтобы взорвать. Красная Армия, захватив город, освободила ожидавших смерти жителей. Один из них диакон Ф. Тихомиров рассказывал посетившему город митрополиту Николаю о том, что двое суток несчастные оставались без еды и питья, в нестерпимой жажде слизывали грязный снег, падавший в храм через разбитые стекла. Когда митрополит спросил у диакона, как они жили при немцах, тот ответил: "Сначала я вел счет побоям плеткой и каблуками, которым я подвергался за то, что не мог по старости выполнять назначаемой мне тяжелой работы, насчитал 30 избиений, а потом и счет потерял". Священника этого храма Андрея Попова немцы расстреляли 13 сентября 1942 года на глазах у диакона на паперти. На оккупированных территориях сжигали деревни, убивали стариков, юношей и девушек увозили в Германию для рабского труда на военных заводах.
Архиепископ Красноярский Лука (Войно–Ясенецкий), совершавший в войну одновременно и архиерейское служение и служение врача–хирурга (он был начальником госпиталя в Красноярске), писал тогда: "Германский народ, более тысячи лет считавшийся христианским народом,… явил всему миру, народам — братьям во Христе и народам нехристианским неслыханно страшное лицо варвара, топчущего ногами Святое Евангелие, вторично распинающего Христа".
Целью войны для Гитлера и его приспешников было расчленение нашей страны и порабощение славянских народов. Поэтому в случае победы Германии Православной Церкви, высшей национальной святыни русского народа, грозило жестокое гонение. Но фашистские идеологи прикрывали свою разбойничью войну именем Бога, называли ее крестовым походом. В пропагандистских целях оккупационные власти выдавали разрешения на открытие церквей. Так, в Киевской епархии в 1942 году было открыто 8 монастырей и 318 храмов, в которых служило 434 священника. Но в проведении религиозной политики оккупационные власти исполняли коварное указание Гитлера: "Мы должны избегать, чтобы одна Церковь удовлетворяла религиозные нужды больших районов, и каждая деревня должна быть превращена в независимую секту. Если некоторые деревни в результате захотят практиковать черную магию, как это делают негры или индейцы, мы не должны ничего делать, чтобы воспрепятствовать им. Коротко говоря, наша политика на широких просторах должна заключаться в поощрении любой и каждой формы разъединения и раскола".
В Прибалтике оккупационные власти разрешили митрополиту Сергию (Воскресенскому) сохранить каноническую, но не административную связь с Патриархией, заключавшуюся практически лишь в возношении имени Местоблюстителя за богослужением. Это сделано было из расчета впоследствии, в случае победоносного для Германии окончания войны с большим удобством выселить всех православных из Прибалтики в глубину России.
В Белоруссии оккупационные власти пытались сколотить автокефальную Белорусскую Церковь. Находившемуся на покое в Жировицком монастыре архиепископу Пантелеймону (Рожновскому), который был сторонником сохранения канонического единства с Московской Патриархией и находился в оппозиции к митрополиту Варшавскому Дионисию (Валединекому), немецкие власти предложили возглавить автокефальную Белорусскую Церковь, потребовав от него не вступать в сношения ни с Москвой, ни с Варшавой. Возглавив Белорусскую Церковь в сане митрополита Минского и Белорусского, Пантелеймон не пошел на разрыв с Предстоятелем Русской Церкви. Поэтому под давлением оккупационных властей, а также из-за интриг сепаратистски настроенного духовенства вынужден был практически отойти от дел. Вскоре он скончался. После него Белорусскую автокефальную митрополию возглавил Филофей (Нарко).