12 октября митрополит Сергий написал завещание, в котором на случай своей смерти передавал полномочия Местоблюстителя митрополиту Ленинградскому Алексию (Симанскому). Через неделю после составления Завещания, когда фронт приблизился к сердцу России и над Москвой нависла опасность, Патриархия была эвакуирована в Ульяновск, бывший Симбирск. Она разместилась в маленьком доме на окраине города. Рядом с Главой Русской Церкви находились Управляющий делами Московской Патриархии протоиерей Николай Колчицкий и келейник Местоблюстителя иеродиакон Иоанн (Разумов) (позже митрополит).
Окраина тихого провинциального города стала в годы войны духовным центром России. Сюда, в Ульяновск, к Предстоятелю Русской Церкви приезжали оставшийся в Москве экзарх Украины, митрополит Киевский и Галицкий Николай, архиепископы Можайский Сергий (Гришин) и Куйбышевский Андрей (Комаров), другие архиереи.
В Первосвятительских посланиях к пастве, которые митрополит Сергий рассылал из Ульяновска по церквам России, он обличал оккупантов за их злодеяния, за пролитие невинной крови, за осквернение и разорение религиозных и национальных святынь. Предстоятель Русской Церкви призывал жителей областей, захваченных врагом, к мужеству и терпению.
24 ноября митрополит Сергий обратился из Ульяновска вместе с митрополитом Киевским и Галицким Николаем, архиепископами Куйбышевским Андреем, Можайским Сергием и архиепископом Ульяновским Иоанном с новым посланием к пастве, в котором развенчал лицемерие нацистской пропаганды: "Гитлеровский молох продолжает вещать миру будто бы он поднял меч "на защиту религии" и "спасение" якобы поруганной веры. Но всему миру ведомо, что это исчадие ада старается лживой личиной благочестия только прикрывать свои злодеяния. Во всех порабощенных им странах он творит гнусные надругательства над свободой совести, издевается над святынями, бомбами разрушает храмы Божии, бросает в тюрьмы и казнит христианских пастырей, гноит в тюрьмах верующих, восставших против его безумной гордыни, против его замыслов утвердить свою сатанинскую власть над всей землей. Православные, бежавшие из фашистского плена, поведали нам о глумлении фашистов над храмами… Всему миру ясно, что фашистские изверги являются сатанинскими врагами веры и христианства. Фашистам с их убеждениями и деяниями, конечно, совсем не по пути за Христом и за христианской культурой. Вот почему прогрессивное человечество объявило Гитлеру священную борьбу за христианскую цивилизацию, за свободу совести и веру… У русских людей, у всех, кому дорога наша Отчизна, сейчас одна цель — во что бы то ни стало одолеть врага".
В пасхальном послании, составленном 2 апреля 1942 года, Первосвятитель раскрыл антихристианскую закваску нацистской идеологии: "Праздник Пасхи празднуем мы, а небо над нами все еще покрыто тучами. Но тьма не победит света, хоть бы на время и заслоняла его. Тем более не победить фашистам, возымевшим дерзость вместо Креста Христова признать своим знаменем языческую свастику. Не забудем слов — "Сим победиши". Не свастика, а Крест призван возглавить христианскую нашу культуру, наше христианское "жительство". В фашистской Германии утверждают, что христианство не удалось и для будущего мирового прогресса не годится. Значит, Германия, предназначенная владеть миром будущего, должна забыть Христа и идти новым путем. За эти безумные слова да поразит праведный Судия и Гитлера и всех соумышленников его".
В 1942 году Московская Патриархия выпустила книгу "Правда о религии в России" предисловие к которой написано Главой Русской Церкви. В нем говорится: "Эта книга есть ответ прежде всего на "крестовый поход фашистов, предпринятый ими якобы ради "освобождения" нашего народа и нашей Православной Церкви от большевиков". Линия поведения нашей Русской Церкви в отношении фашистского "крестового похода" определяется просто. Фашистский "крестовый поход" уже разразился над нашей страною, уже заливает ее кровью, оскверняет наши святыни, разрушает исторические памятники, изощряется в злодеяниях над безоружным населением…
Ясно, что мы, представители Русской Церкви, даже и на мгновение не можем допустить мысли о возможности принять из рук врага какие-либо льготы или выгоды… Ясно, что Церковь раз и навсегда должна соединить свою судьбу с судьбою паствы на жизнь и на смерть. И это она делает не из лукавого расчета, что победа обеспечена за нашей страной, а во исполнение лежащего на ней долга, как мать, видящая смысл жизни в спасении ее детей".
С патриотическими посланиями к пастве обращались ближайшие сподвижники Местоблюстителя: митрополиты Алексий и Николай. Все страшные дни блокады Митрополит Ленинградский оставался со своей паствой в голодном и холодном городе на Неве.