Крайне сложным делом было устроение канонически нормальной церковной жизни в областях, пострадавших от оккупации, где при немцах образовывались расколы и самочинные отделения и где часть духовенства скомпрометировала себя сотрудничеством с врагом. Особая заслуга в налаживании церковной жизни на освобожденных территориях принадлежит новому экзарху Украины — митрополиту Киевскому Иоанну (Соколову), который сменил переведенного из Киева на Крутицкую кафедру митрополита Николая. По всей стране открывались новые приходы, а священников катастрофически не хватало.
Для подготовки кандидатов священства по поручению Патриарха Сергия архиепископ Саратовский Григорий (Чуков) разработал проект восстановления духовного образования в России. Планировалось в ближайшее время в Москве открыть Православный Богословский Институт, а в епархиальных городах — Богословско–пастырские курсы.
В сентябре 1943 года возобновилось издание "Журнала Московской Патриархии". Редактором журнала стал сам Патриарх, а в редакционную комиссию вошли митрополиты — Московский Алексий, Киевский Николай и архиепископ Горьковский Сергий (Гришин). Ответственным секретарем редакции был назначен настоятель московского святителя Николая в Кузнецах протоиерей А. П. Смирнов.
После своей интронизации Святейший направил известительные грамоты Патриархам: Константинопольскому Вениамину, Александрийскому Христофору, Антиохийскому Александру и Иерусалимскому Тимофею. Взаимоотношения с Православными Церквами Востока приобрели более широкий и интенсивный характер.
На повестке дня стояла нормализация отношений с Грузинской Православной Церковью, отделения которой в 1917 году не признал Поместный Собор. В результате переговоров со священноначалием Грузинской Православной Церкви, которые от лица Московского Патриархата вел архиепископ Антоний (Романовский), 10 ноября 1943 года было восстановлено молитвенно–каноническое общение между Церквами.
Для консолидации церковной жизни необходимо было установление внутрицерковного мира, преодоление расколов и разделений в российской пастве. В октябре 1941 года Александр Введенский, устранив от возглавления обновленческой церкви "митрополита" Виталия (Введенского), усвоил себе титул "Святейшего и Блаженнейшего Первоиерарха". Самозванный "Первоиерарх" вместе с уволенным на покой "митрополитом" Виталием Введенским и обновленческой канцелярией были эвакуированы в Ульяновск. Нормализация отношений между Православной Церковью и государственной властью привела к тому, что обновленческие приходы начали стремительно таять. К середине войны полный крах обновленчества стал очевидным.
Обновленческие архиереи, осознавшие это, искали пути к возвращению в Православную Церковь. Лжеепископ Звенигородский Сергий (Ларин) в 1943 году вступает в конфиденциальные переговоры с Киевским митрополитом Николаем об условиях, на которых могут быть воссоединены обновленцы. Сергий готов был пожертвовать Александром (Введенским), чтобы обновленческие священнослужители воссоединялись в сущем сане, хотя и с пожизненным запрещением женатых епископов. Когда о переговорах этих стало известно самозванному Первоиерарху, он перевел Сергия Ларина из Москвы в Ташкент. Переговоры заглохли. По отношению к кающимся обновленцам Патриарх Сергий выбрал не чуждую икономии, но твердую линию. В сущем сане принимались епископы, пресвитеры и диаконы, получившие сан до 1923 года, когда обновленцы были запрещены Патриархом Тихоном, если они не утратили права на священнослужение через вступление в брак после хиротонии. А лжесвященники и лжеепископы обновленческого поставления принимались мирянами или в том сане, которого удостоились до уклонения в раскол. 5 ноября 1943 года на заседании Священного Синода принято было покаяние от находившегося на покое обновленческого "архиепископа" Михаила (Постникова). Свое покаяние, подписанное собственноручно, присоединяемый прочитал вслух и вручил Патриарху: "Я, обновленческий архиепископ Михаил Постников, рождения 1878 года, исповедую Господу Иисусу Христу и Пречистой Его Матери и всем святым и Тебе, Святейший Владыко, и здесь присутствующим архипастырям мой великий грех уклонения от Единой Святой Православной Церкви в раскол обновленческий… Ни на какие чины, полученные как награды, я не претендую, я только смиренно прошу принять меня в общение со Святой Православной Церковью, причем заявляю, что всякое сношение с обновленчеством я порываю. Прости меня, Святейший Владыко, и благослови, и вкупе с прочими архиереями помолитеся о мне грешном". Святейший Патриарх прочитал над кающимся разрешительную молитву и возложил на него архиерейскую панагию. Воссоединенный с Православной Церковью епископ Михаил (Постников) был назначен на Архангельскую кафедру.