Те же принципы характерны и для Устава академий, имевших целью «доставлять высшее богословское образование в духе православия для просвещенного служения в Церкви на пастырском, духовно–учебном и других поприщах деятельности» [1560]
. Усилилась зависимость академий от епархиальных архиереев, которым поручалось попечение над ними в роли начальствующих. Хотя теоретически белое духовенство сохраняло доступ к ректорству, фактически после 1884 г. Святейший Синод назначал ректорами академий только ученых монахов. Теперь ректор не обязан был занимать профессорской должности, достаточно было, чтобы он просто преподавал какую–либо богословскую дисциплину. Рекомендовалось, чтобы инспектор и его помощник были из духовного сословия. Кандидатуры на замещение вакантных кафедр утверждал Святейший Синод по представлению епископа; условием, как и прежде, являлось наличие ученой степени. Компетенция академического совета и правления была сужена, укрепилась их зависимость от епархиального архиерея.В новые учебные программы были внесены существенные изменения, направленные в основном против специализации. Распределение дисциплин по трем отделениям отменялось. Отныне имелись общеобязательные предметы и тематически сгруппированные предметы на выбор. Студенты уже не выбирали себе специальности как основы для будущей научной деятельности, а готовились к преподаванию в семинариях. Программа была рассчитана на четыре года, причем четвертый курс не имел прежних особых задач. Количество семестровых работ было увеличено с шести до девяти. Кандидатская диссертация на четвертом курсе писалась параллельно с обычной курсовой работой. Обязательными дисциплинами являлись: 1) введение в богословие (вместо прежних основ, но с сохранением приблизительно того же содержания); 2) Священное Писание и библейская история; 3) догматика; 4) нравственное богословие; 5) гомилетика и история проповеди; 6) пастырское богословие и педагогика, ранее входившая в число специальных предметов; 7) церковное право; 8) история Вселенской Церкви до разделения Церквей вместо прежней всеобщей церковной истории, история православной Восточной Церкви и Русской Церкви; 9) патристика; 10) церковная археология и литургика; 11) философия: а) логика, психология, метафизика, б) история философии. Сравнительное богословие из учебного плана было изъято. Из предметов по выбору к первой группе относились: 1) теория языка и история зарубежных литератур; 2) русский и церковнославянский языки с палеографией и история русской литературы; 3) древнееврейский язык и библейская археология; 4) один древний и один новый язык. Во вторую группу входили: 1) история и анализ западных исповеданий (вместо прежнего сравнительного богословия, однако с бóльшим упором на критику); 2) история и критика русского раскола; 3) всеобщая светская история; 4) история России; 5) один древний и один новый язык. В Казанской Академии была еще группа миссионерских дисциплин с татарским и монгольским отделениями. Студенты, избиравшие эту группу, освобождались от изучения предметов одной из двух названных выше групп по выбору, за исключением одного древнего и одного нового языка. На татарском отделении преподавались: 1) история и критика ислама; 2) этнография татар, киргизов, башкир, чувашей, черемисов, вотяков и мордвы; 3) история распространения христианства среди этих инородцев; 4) арабский и татарский языки с общим филологическим обзором языков и наречий названных народов. В программу монгольского отделения входили: 1) история и критика ламаизма; 2) этнография монголов, бурят, маньчжур, корейцев, гольдов, гиляков и др.; 3) история распространения христианства среди названных народов; 4) монгольский язык с диалектами и общий филологический обзор языков и диалектов перечисленных народов. Эти установления способствовали существенному прогрессу в миссионерской деятельности.
К штатным преподавателям относились 8 ординарных и 9 экстраординарных профессоров, 9 доцентов и 3 преподавателя современных языков. Штаты преподавателей Казанской Академии ввиду организации миссионерской группы были увеличены. 25 лет службы давали профессорам право на звание заслуженного ординарного или заслуженного экстраординарного профессора, особый служебный статус и особое жалованье. В 1894 г. были повышены оклады и пенсии преподавателям академий и семинарий, а в следующем году введена особая форма для студентов и семинаристов [1561]
.Устав академий вступил в силу в 1884/1885 учебном году, новый Устав семинарий — в 1885/1886 г. Для чтения курса по истории и критике русского раскола не было преподавателей, и потому он вводился лишь постепенно с 1886 г. В качестве дополнительного предмета и с отдельным финансированием в семинариях тех епархий, которые особенно страдали от распространения сект, вводилась история и критика сектантства. Еще ранее, в 1884 г., начал действовать новый Устав уездных духовных училищ, а в 1882 г. — епархиальных женских училищ.