Впоследствии свои действия активизировали не только защитники, но и противники нового академического Устава. Одним из наиболее резких его критиков был Казанский архиепископ Антоний Амфитеатров [1549]
. Митрополит Филарет был особенно недоволен Уставом семинарий. Несколько позднее Тверской архиепископ Савва Тихомиров направил незадолго до того назначенному обер–прокурору К. П. Победоносцеву несколько писем, полных горькой критики, которые подлили масла в огонь и, насколько это было возможно, еще более усилили отрицательное отношение обер–прокурора к проведенным преобразованиям [1550]. Наряду с несомненно положительными результатами, а именно блестящим взлетом богословской науки вскоре отчетливо дали о себе знать и недостатки нового академического Устава: академии превратились в своего рода институты по выращиванию ученых богословов, чрезвычайно же важная задача подготовки научно образованного духовенства отступила на задний план. Именно на это и была направлена основная критика противников Устава [1551].Устав 1869 г. открыл белому духовенству доступ к ректорству в академиях, ликвидировав тем самым гегемонию ученого монашества. Обер–прокурор граф Д. А. Толстой, противник ученого монашества, способствовал назначению представителей белого духовенства на должности ректоров. Так, ректором Петербургской Академии стал протоиерей И. Л. Янышев (1866–1883), вступивший в должность еще до появления нового Устава. Московскую Академию с 1864 г. и до самой смерти в 1875 г. возглавлял протоиерей профессор А. В. Горский. После недолгого ректорства архимандрита Михаила Лузина (1876–1878), ректором здесь стал протоиерей С. К. Смирнов (1878–1886), оставивший должность после реформы 1884 г. Ректором Казанской Академии с 1871 по 1895 г. был протоиерей А. П. Владимирский [1552]
. Существенно увеличилось в академиях и число светских профессоров, и даже контрреформа 1884 г. не могла уже изменить этого положения. Специализация высшего образования позволила профессорам заранее готовить себе смену из наиболее способных учеников, которые по окончании академии оставались в ней — поначалу в качестве доцентов. Все эти факторы значительно ослабляли позиции ученого монашества в духовных академиях.