В 1867 г. Святейший Синод предложил духовным академиям высказаться по поводу намеченной реформы уставов. Докладные записки академий были переданы на изучение особой комиссии под председательством Нижегородского архиепископа Нектария. В комиссию входил также Макарий Булгаков. «Академический Устав 1869 года, принесший столько блага нашей Церкви и особенно духовной науке, несмотря на весьма кратковременное свое существование, явился в окончательном своем виде в свет благодаря энергичной защите принципов его Макарием Булгаковым, — так пишет биограф последнего. — Макарий Булгаков смело и твердо отстаивал необходимость предоставления нашей духовной школе свободного и правильного развития, в полном соответствии с духом и требованиями того времени» [1543]
. Защищавшиеся Макарием принципы, до известной степени либеральные, явились причиной недолговечности изданного 30 мая 1869 г. нового Устава, который уже в 1884 г. был заменен так называемым «антиуставом» [1544].Этот Устав 1869 г. значительно отличался от Устава 1808 г. и по форме был аналогичен Уставу семинарий. Ранее задача академий состояла в подготовке молодежи духовного звания к занятию высших церковных должностей и преподаванию в семинариях, а также в просвещении духовенства. Новый Устав требовал от академий «давать высшее образование для просвещенного служения Церкви и заботиться о подготовке преподавателей для духовных учебных заведений». На практике особенно серьезное внимание обращалось на первое из этих требований, которое предполагало развитие богословской науки. С изданием Устава 1869 г. во всех областях богословия началась плодотворная работа. Наконец нашли полное признание фундаментальные методы научной критики, до сих пор подавлявшиеся из боязни вольнодумства и духовной самостоятельности ученых. Этой тенденцией Устав обязан своим составителям, в число которых наряду с Макарием Булгаковым входили и люди, хорошо знакомые с западноевропейским богословием, стремившиеся ввести его методы в русских академиях. Умерший в 1919 г. профессор А. Л. Катанский, который окончил академию еще до Устава 1869 г., а свою продлившуюся несколько десятилетий деятельность ученого и преподавателя академии начал уже после его выхода, в своих воспоминаниях так описывает атмосферу возникновения Устава, его прием студентами и профессорами, а также последствия его ограничения реформами 1884 и 1910 гг., т. е. все, чему он сам был свидетелем: «Главным двигателем преобразования был тогдашний обер–прокурор Святейшего Синода (с 1865 г.) граф Д. А. Толстой… Но душою комитета был не председатель (митрополит Арсений Москвин. — Ред.), человек ничем не выдающийся, кроме полного сочувствия делу преобразования, и потому persona grata у графа Д. А. Толстого, а члены комитета, в особенности председатель Духовного учебного комитета протоиерей И. В. Васильев и ректор Петроградской Академии протоиерей И. П. Янышев. Оба они горячо были преданы делу преобразования и являлись прекрасными, весьма сведущими представителями постановки высшего богословского образования на Западе: протоиерей И. В. Васильев — в римско–католическом мире, протоиерей И. П. Янышев — в протестантском… Прочие члены комитета были также в своем роде люди замечательные… Так, трудами упомянутых лиц и выработан был высочайше утвержденный 30 мая 1869 г. Устав духовных академий со всеми его особенностями. Одной из главных была специализация и разделение преподаваемых наук на три группы, или отделения: богословское, церковно–историческое и церковно–практическое… Слабые стороны такого учебного плана скоро были замечены. Это — преобладание небогословских наук пред богословскими в двух по крайней мере отделениях: церковно–историческом и церковно–практическом, недостаток полноты богословского образования студентов… Идея специализации духовно–академического образования носилась, так сказать, в воздухе тогдашнего времени и находила почти общее признание… После введения в действие новый учебный план Устава 1869 г. принес много добрых и ценных плодов. Студенты стали несравненно серьезнее, чем прежде, относиться к изучению наук, в особенности отделенских… Вообще во всех классных занятиях прошла какая–то бодрая, живая струя. Тем досаднее была явная крайность в проведении прекрасного и благодетельного, в сущности, принципа специализации, являлось предчувствие недолговечности нового Устава и сильное опасение возврата к прежнему академическому строю, что потом, к сожалению, и случилось в 1884 г.» [1545]