Хотя новый Устав предоставлял академиям большую самостоятельность, он все же сохранил и верховное руководство над ними Святейшего Синода, и опеку со стороны соответствующих епархиальных архиереев. Последние должны были заботиться об учебном процессе во всем его объеме, они председательствовали на научных заседаниях академического совета и на экзаменах. Архиерейский надзор распространялся и на внутренний распорядок академии. Вопросы управления академией, а также обучения и воспитания, находились в ведении академического совета, хозяйственные вопросы были компетенцией правления. Членами академического совета являлись: ректор (председатель), три его ассистента по учебным делам, инспектор и по два ординарных профессора от каждого отделения. Наиболее важные вопросы преподавания и воспитания решал не совет, а общее собрание, состоявшее из всех ординарных и экстраординарных профессоров. На таких собраниях происходили, в частности, выборы для замещения вакансий на кафедрах. Правление академии состояло из ректора (председателя), инспектора, трех ассистентов от отделений и эконома, исполнявшего свою должность на общественных началах. В качестве более высокой инстанции выступал епархиальный архиерей, а наивысшей — Святейший Синод. Епископ имел право делать запросы председателю совета, тогда как последний должен был представлять для сведения епископа отчеты о заседаниях и протоколы. До реформы 1869 г. при назначении ректора епархиальный архиерей выдвигал на усмотрение Святейшего Синода одного, а собрание академии — двух кандидатов, причем Синод практически всегда высказывался в пользу кандидата из монашеского звания и имевшего степень магистра. По новому Уставу ректором должно было быть лицо духовное, т. е. он мог принадлежать и к белому духовенству, что отныне часто и случалось. Условием было обладание степенью доктора богословия и чтение лекций в академии по одному из учебных предметов. В надзоре за студентами, который также входил в обязанности ректора, последний опирался на инспектора из числа профессоров. В делах обучения и воспитания ему помогали три ассистента, являвшиеся своего рода деканами отделений. Наиболее важные вопросы решались не единолично ректором, а академическим советом. Замещение должностей ректора, его ассистентов, инспектора и профессоров утверждалось Святейшим Синодом. На каждом отделении академии имелась комиссия из преподавателей для обсуждения вопросов, касавшихся отделения, окончательное решение по которым выносилось академическим советом.
Согласно Уставу 1869 г., в академию могли быть приняты лица любого сословия, если они были православного вероисповедания, представили свидетельство об окончании семинарии или классической гимназии и выдержали экзамен. Академический совет имел право допускать к лекциям и вольнослушателей. Неимущие студенты при хорошей успеваемости могли учиться на казенный счет, а также жить в академии и получать стипендию. По окончании академии они должны были отслужить учителями по полтора года за каждый год обучения и только тогда при желании могли переходить на службу в другое ведомство.
В Казанской Духовной Академии для миссионерской деятельности среди буддистов и мусульман были организованы факультативные специальные лекции, читавшиеся штатными преподавателями.
Одновременно с Уставом академии получили и новые штаты, принесшие значительное увеличение профессорского жалованья, которое было уравнено с жалованьем университетских профессоров [1547]
.С дозволения Святейшего Синода академии получили право устраивать публичные чтения своих профессоров. Далее, разрешалось основывать ученые общества, а также публиковать научные труды профессоров и сборники источников и материалов для изучения христианства. При этом было достаточно внутренней цензуры самой академии. Прежнее положение, согласно которому сочинения профессоров подлежали общей духовной цензуре, было отменено.
В ходе подготовки нового Устава Святейшим Синодом изучался вопрос об учреждении пятой духовной академии в Вильне, о чем как о средстве борьбы против католицизма и укрепления православия в западных областях ходатайствовал в 1863 г. перед императором генерал–губернатор М. Н. Муравьев. Когда в 1864 г. по этому вопросу обратились к мнению митрополита Филарета, тот высказался против такого шага, считая, что, во–первых, преподавателей не хватает даже для существующих четырех академий, а во–вторых, для осуществления целей, указанных Муравьевым, гораздо важнее иметь хороших приходских священников, которых могут подготовить и семинарии [1548]
.