В новом Уставе предметы были разделены на общеобязательные и отделенские, т. е. изучавшиеся на одном из трех вышеназванных отделений. К общеобязательным относились: 1) Священное Писание; 2) введение в богословие; 3) философия (логика, психология и метафизика); 4) история философии; 5) педагогика; 6) один из древних языков и литература на нем; 7) один из современных языков (французский, немецкий или английский). На богословском отделении изучались: 1) догматика и история догматов; 2) нравственное богословие; 3) сравнительное богословие; 4) патристика; 5) древнееврейский язык; 6) библейская археология. Следующие предметы были специальными на церковно–историческом отделении: 1) библейская история Ветхого и Нового Заветов; 2) всеобщая церковная история; 3) история Русской Церкви; 4) история и обличение русского раскола; 5) всеобщая светская история; 6) русская история. Соответственно на церковно–практическом отделении: 1) пастырское богословие; 2) гомилетика; 3) история проповеди в православной Церкви и на Западе; 4) церковная археология; 5) литургика; 6) церковное право; 7) теоретическое литературоведение и история русской литературы с обзором важнейших произведений зарубежных литератур; 8) русский и другие славянские языки. Устав разрешал с согласия Святейшего Синода вводить дополнительные предметы. Так, например, в Московской Духовной Академии вместо упраздненной кафедры физики и математики профессор Д. Ф. Голубинский (сын протоиерея Ф. А. Голубинского) основал кафедру естественнонаучной апологетики [1546]
. Обучение было рассчитано на четыре года. Все перечисленные дисциплины, как общеобязательные, так и входящие в программу отделений, проходились за три учебных года. По успешном окончании третьего курса студенту на основании квалификационной работы присваивалась степень кандидата богословия. На четвертый курс академии допускались лишь получившие отличные оценки на заключительном экзамене третьего курса. На четвертом курсе читались специальные практические лекции и под руководством профессоров студенты готовились к преподавательской деятельности в семинариях. При этом каждый студент мог выбирать интересующие его дисциплины — существенное улучшение сравнительно с прежним положением, когда личные интересы учащихся при выборе сферы преподавания во внимание не принимались. В то же время на четвертом году обучения писалась магистерская диссертация по избранной студентом специальности; после ее публичной защиты студент получал степень магистра богословия. Защита докторской диссертации давала право на ученую степень доктора богословия. Экзамены как по общеобязательным предметам, так и по специальным предметам отделений были устными. Это же правило имело силу и для экстернов, желавших получить академический диплом или ученую степень; представлять магистерскую диссертацию они также имели право не ранее чем через год. При поступлении в академию предъявлялось свидетельство об успешном окончании семинарии или гимназии.Преподавательский состав академии включал девять ординарных и восемь экстраординарных профессоров, восемь доцентов и трех преподавателей современных языков, кроме того, Устав допускал привлечение приват–доцентов. Так, по философии и истории философии предусматривалось три преподавателя, из которых один должен был быть ординарным профессором. Чтение лекций по важнейшим богословским дисциплинам также предоставлялось ординарным профессорам. Приват–доценты являлись внештатными преподавателями, которые готовились занять должность доцента или профессора. Для получения ординарной профессуры требовалась ученая степень доктора, а экстраординарной — магистра богословия по одной из академических дисциплин. То же условие действовало и в отношении небогословских дисциплин: в этом случае будущий ординарный профессор представлял докторский диплом одного из русских университетов. В целом новый Устав предполагал значительное повышение квалификации преподавательского состава. Кафедры формировались путем тайного голосования, в котором принимали участие все члены академического совета. Не известные совету соискатели из других высших школ должны были читать пробные лекции.