Послѣ опустошительнаго нашествія монголовъ и перенесенія митрополіи на сѣверъ были упразднены епархіи: черниговская, переяславская, бѣлгородская и юрьевская. Архіепископъ Макарій пишетъ: “Другія епархіи, подвергавшіяся такимъ же опустошеніямъ, можетъ быть, не были закрываемы даже на время, но болѣе или менѣе оставались безъ архипастырей, хотя по имени существовали: о епископѣ владиміро-волынскомъ упоминается только съ 1260 года, о перемышльскомъ — съ 1271 г., о рязанскомъ — съ 1284 г., о галицкомъ — съ 1331 г., о Туровскомъ — съ 1345 г. Епархія Владимірская на Клязьмѣ не имѣла своего епископа до 1250 года, потомъ въ продолженіи четырнадцати лѣтъ управляема была митрополитомъ, съ 1274 г. имѣла своихъ епископовъ, которые назывались Владимірскими, суздальскими и нижегородскими, а съ 1299 г. окончательно перешла въ вѣдѣніе русскихъ митрополитовъ. Между тѣмъ одна за другой возникали новыя епархіи. Около 1250 г. открыта была епархія холмская по волѣ галицкаго князя Даніила, который, украсивъ Холмъ послѣ нашествія Батыева, перемѣстилъ въ него епископскую каѳедру изъ Угровеска. Въ 1261 г. открыта была епархія въ Сараѣ — самой столицѣ татарскихъ хановъ; около 1271 г. — въ Твери; около 1347 г. въ Суздали; около 1360 г. — въ Брянскѣ, куда собственно перенесена была каѳедра епархіи черниговской; въ 1383 г. — въ Перми. Съ 1288 г. упоминается епархія луцкая, съ 1353 г. — коломенская, съ 1389 г. — звенигородская, которая впрочемъ была открыта только на короткое время. Жители Пскова, издавна находившіеся подъ властью новгородскаго владыки, желали имѣть у себя особую епархію и въ 1331 г. просили митрополита поставить епископомъ избраннаго ими Арсенія, но получили отказъ. Такимъ образомъ, къ концу XIV и въ началѣ XV вѣка число епархій въ русской Церкви возрасло до восьмнадцати, если не считать звенигородской. Девять изъ нихъ, со включеніемъ епархіи митрополичей, находились въ Руси сѣверо-восточной: владиміро-московская, заключающая въ себя Владиміръ, Москву, а иногда Нижній-Новгородъ и Городецъ, новгородская, ростовская, суздальская, рязанская, тверская, сарская, коломенская и пермская. А девять — въ Руси юго-западной, кромѣ Кіева, принадлежавшаго съ нѣкоторыми другими городами къ епархіи митрополичей: черниговская или брянская, полоцкая, смоленская, галицкая, перемышльская, владиміро-волынская, холмская, туровская и луцкая”.
По мѣрѣ ослабленія власти удѣльныхъ князей, все чаще стали назначать епископовъ прямо изъ Москвы. Избраніе ихъ происходило тамъ на соборѣ всѣхъ епископовъ, которые или лично являлись, или изъявляли согласіе повольными грамотами. Соборъ избиралъ троихъ кандидатовъ на свободное мѣсто, а митрополитъ избиралъ изъ нихъ одного. Въ XV вѣкѣ порядокъ этотъ утвердился окончательно, что и было изложено въ чинѣ поставленія епископа 1423 г. Епископы по прежнему стояли во главѣ удѣльныхъ событій, но стали постепенно терять свои мѣстныя симпатіи и тянулись къ общему центру — Москвѣ.
Примѣры произвольнаго суда надъ іерархами становятся очень рѣдкими и наблюдаются тамъ, гдѣ держался еще вѣчевой укладъ. Въ 1388 г. ростовцы удалили Св. еп.