Въ значительной мѣрѣ благодаря св. митрополиту Іонѣ сохраненъ былъ и утвержденъ благодѣтельный порядокъ наслѣдованія престола отъ отца къ сыну, окончательно установленный вел. кн. Димитріемъ Донскимъ. Святитель рѣшительно выступалъ противъ кн. Дмитрія Юрьевича Шемяки, ослѣпившаго своего троюроднаго брата вел. кн. Василія II, и захватившаго его престолъ. Когда, по изгнаніи изъ Москвы, Шемяка снова началъ смуту, св. Іона въ 1447 г., вмѣстѣ съ владыками ростовскимъ, суздальскимъ, коломенскимъ и пермскимъ, отъ имени всего духовенства, обратился къ нему съ грознымъ обличеніемъ, сравнивая съ “братоубійцами” Каиномъ и Святополкомъ Окаяннымъ. Изложивъ всѣ его вины и измѣны, духовенство заканчивало посланіе такъ: “Мы, служители алтарей, по своему долгу молимъ тебя, господинъ князь Димитрій, очистить совѣсть, удовлетворить всѣмъ праведнымъ требованіямъ великаго князя, готоваго простить и жаловать тебя изъ уваженія къ нашему ходатайству, если обратишься къ раскаянію. Когда же въ безумной гордости посмѣешься надъ клятвами, то не мы, но самъ возложишь на себя тягость духовную: будешь чуждъ Богу, церкви, вѣрѣ и проклятъ на вѣки со всѣми твоими единомышленниками и клевретами”. Святитель Іона, увѣдомляя о посвященіи своемъ въ 1448 г. въ митрополиты “князей, пановъ, бояръ, намѣстниковъ, воеводъ и все Христоименитое Господне людство”, обличая Шемяку, призывалъ ихъ подчиняться Василію Темному. Въ заключеніе онъ писалъ: “Если же не станете бить челомъ своему господарю, и прольется отъ того кровь христіанская, то вся эта кровь взыщется отъ Бога на васъ, за ваше окаменѣніе и неразуміе; будете чужды милости Божіей, своего христіанства, благословенія и молитвы нашего смиренія, да и всего великаго священства; Божія благословенія не будетъ на васъ; въ Землѣ вашей никто не будетъ больше называться христіаниномъ, ни одинъ священникъ не будетъ священствовать, но всѣ Божіи церкви затворятся отъ нашего смиренія”.
Соловьевъ, въ связи съ этими выступленіями духовенства, пишетъ: “Если русское духовенство, въ лицѣ своего представителя, митрополита, такъ сильно содѣйствовало возвеличенію Москвы, то одинаково могущественно содѣйствовало и утвержденію единовластія, ибо въ это время духовенство сознательнѣе другихъ сословій могло смотрѣть на стремленіе великихъ князей Московскихъ, вполнѣ оцѣнить это стремленіе. Проникнутое понятіями о власти царской, власти получаемой отъ Бога и независящей ни отъ кого и ни отъ чего, духовенство по этому самому должно было находиться постоянно во враждебномъ отношеніи къ старому порядку вещей, къ родовымъ отношеніямъ, не говоря уже о томъ, что усобицы княжескія находились въ прямой противоположности съ духомъ религіи, а безъ единовластія онѣ не могли прекратиться. Вотъ почему, когда Московскіе князья начали стремиться къ единовластію, то стремленія ихъ совершенно совпали съ стремленіями духовенства; можно смѣло сказать, что вмѣстѣ съ мечемъ свѣтскимъ, великокняжескимъ, противъ удѣльныхъ князей постоянно былъ направленъ мечъ духовный”.
Проф. Петръ Знаменскій, обсуждая тотъ же вопросъ, пишетъ: “Великіе князья понимали, что для нихъ значатъ митрополиты, и оказывали имъ высокое уваженіе и полное довѣріе. Всѣ княжескія грамоты начинались словами: “по благословенію отца нашего митрополита”, и скрѣплялись митрополичьей подписью и печатью; предъ митрополитомъ князья давали крестное цѣлованіе другъ другу и разбирали свои споры; въ ихъ договорныхъ граматахъ писалось: “а о чемъ ся сопрутъ, ино имъ третій митрополитъ, а кого онъ обвинитъ, ино обидное отдати”. Понятно, что верховная власть, воспитывавшаяся подъ руководствомъ іерархіи, пріучилась дѣйствовать на основаніи не столько юридическихъ, сколько нравственныхъ началъ, считала своимъ долгомъ простирать свое вліяніе не только на гражданскія отношенія подвластныхъ, но и на ихъ религіозно-нравственную жизнь, а чрезъ это получало обширное вліяніе и на церковныя дѣла. Съ теченіемъ времени власть великаго князя окрѣпла, стала меньше нуждаться въ подпорѣ и руководствѣ церковной власти. Съ половины XIV вѣка видимъ уже весьма рѣзкую перемѣну въ ихъ положеніи; если прежде князей было много, а митрополитъ былъ одинъ, то въ XIV в. наоборотъ сильный князь былъ одинъ, а митрополитовъ 2-3; значеніе митрополита отъ этого ослабѣло, а власть великаго князя усилилась. Неизбѣжнымъ слѣдствіемъ этого было то, что прежнее участіе верховной власти въ церковныхъ дѣлахъ подъ руководствомъ іерархіи, участіе вспомогательное и служебное, обращалось въ независимое отъ іерархіи, самостоятельное. Избраніе Митяя и поступки Донского съ Пименомъ и Кипріаномъ были выразительнымъ знаменіемъ новаго порядка вещей, который развился потомъ въ Московскомъ государствѣ”.
Власть митрополита. Епархіи. Бѣлое Духовенство.