Для пониманія дальнѣйшихъ событій въ Москвѣ, необходимо указать на то, что происходило въ Царьградѣ. Императоръ Іоаннъ Палеологъ оставался вѣренъ уніи, противъ которой были Византія и весь православный Востокъ. Большое значеніе имѣли выступленія Марка Евгеника Ефесскаго. Преемникъ Іоанновъ и братъ его, Константинъ XII, сначала былъ вѣренъ Православію, когда же надвинулась непосредственная опасность Константинополю, прибѣгъ къ уніи, считая ее единственнымъ средствомъ спасенія. Народъ же, напротивъ, смотрѣлъ на унію, какъ на способъ привлечь на Византію гнѣвъ Божій. 29 мая 1453 г. Константинополь былъ взятъ турками. Императоръ Константинъ палъ геройскою смертью. Султанъ Магометъ обратилъ храмъ Св. Софіи въ мечеть, но дозволилъ выбрать патріарха. Таковымъ выбранъ былъ видный борецъ противъ уніи, монахъ
Послѣ сверженія Исидора вел. князь въ 1441 г. заготовилъ къ патріарху письмо, въ которомъ, обвиняя Исидора въ измѣнѣ Православію, просилъ о поставленіи митрополитомъ Святителя Іону. Но письмо это не было отослано. Видимо не рѣшились обращаться къ патріарху уніату, свергнувъ Исидора за уніатство. Задерживалось и избраніе митрополита въ Москвѣ. Дѣло въ томъ, что въ іюлѣ 1445 г. Василій II во время борьбы съ казанскими татарами былъ захваченъ ими въ плѣнъ и оставался въ немъ около трехъ мѣсяцевъ. Въ 1446 г. онъ былъ захваченъ въ обители Троицкой двоюроднымъ братомъ, кн. Димитріемъ Юрьевичемъ Шемякой, ослѣпленъ и лишенъ престола. Только въ февралѣ 1447 г. Василій Темный вернулся въ Москву. Во время этой усобицы въ домѣ потомковъ Іоанна Калиты духовенство крѣпко стояло за Василія и содѣйствовало побѣдѣ самодержавія надъ старымъ удѣльнымъ порядкомъ. Святитель Іона тоже неизмѣнно дѣйствовалъ въ пользу Василія, несмотря на то, что Шемяка, завладѣвъ Москвой, ввелъ его въ управленіе дѣлами митрополіи. Въ 1448 — 15 дек. — Святитель
Голубинскій такъ представляетъ себѣ тогдашнее отношеніе Москвы къ происходившему въ Царьградѣ: “Въ Константинополѣ послѣ взятія его Турками мѣсто православнаго императора греческаго занялъ мусульманскій или бусурманскій султанъ турецкій. Какъ императоръ былъ мірскимъ главой патріарха константинопольскаго, утверждалъ его въ его званіи и возлагалъ на него отличія (инсигніи) этого послѣдняго, такъ тѣмъ же сталъ по отношенію къ нему и тоже сталъ дѣлать и султанъ, вслѣдствіе чего патріархъ превратился теперь въ раба христоненавистнаго бусурмана. Но у Русскихъ не могло быть желанія, чтобы ихъ митрополитъ получалъ посвященіе отъ этого раба бусурмана, — чтобы бусурманская скверна, которую султанъ сообщалъ своими руками патріарху, переходила и на митрополита и чтобы черезъ рабство патріарха султану и они до нѣкоторой степени становились рабами этого ненавистника креста Христова. И дѣло тутъ шло не объ однихъ только отвлеченныхъ понятіяхъ и мнѣніяхъ, но и объ осязаемой дѣйствительности, ибо митрополитъ русскій, имѣвшій отправляться — предполагая, что онъ былъ бы избираемъ дома — для посвященія въ Константинополь, обладаемый Турками, долженъ былъ бы имѣть непосредственныя сношенія съ чиновниками турецкими, въ вѣдѣніи которыхъ находился патріархъ съ церковію, — могъ бы быть требуемъ для непосредственныхъ представленій самому султану, который могъ видимымъ образомъ поставить дѣло такъ, чтобы онъ — митрополитъ казался бы такимъ же рабомъ его, какъ и самъ патріархъ, черезъ что могли быть изъявляемы султаномъ нѣкоторыя притязанія на верховенство и надъ самимъ великимъ княземъ...”
Съ этого времени установился порядокъ ставить митрополитовъ въ самой Москвѣ и своими русскими епископами, такъ чтобы митрополиты могли быть на будущее время фактически независимыми отъ патріарховъ. Объ отношеніи къ этому патріарховъ Голубинскій пишетъ: “Какъ бы то ни было, дали или не дали патріархи свое формальное дозволеніе Русскимъ на то, чтобы ставить имъ своихъ митрополитовъ въ самой Москвѣ, но во всякомъ случаѣ положительно извѣстно, что они не протестовали открытымъ образомъ противъ самого ставленія. Слѣдовательно, если они и не давали на него формальнаго дозволенія, то съ охотой или неохотой допустили и признавали его какъ фактъ”.