Враг спасения ополчился на инока искушениями. Пустыннику представлялось, что его келлия рушится на четыре стороны и к нему рвутся звери с диким ревом. Но эти искушения он побеждал силою крестного знамения. Три года, больше тысячи ночей, оп простоял в молитве на гранитном камне, который лежал на полпути от келии в пустынь, взывая: «Боже, милостив буди мне грешному», а днем молился у себя в келлии, и тоже на камне, который принес из леса. Когда мысленная брань утихла, столпник сошел с камня, но с тех пор не оставляла его болезнь в ногах.
12 сентября 1804 года, когда старец рубил в лесу дрова, на него напали разбойники, потребовавшие у него денег. Святой ответил: «Я ни от кого ничего не беру». В руках у него был топор, но он опустил его, сложил руки на груди и сказал: «Делайте, что вам надобно». Разбойники стали избивать преподобного, обухом проломили ему голову, сломали ребра, топтали ногами. Связав его веревками, они бросились к нему в келлию искать деньги и драгоценности, но кроме иконы нашли лишь несколько картофелин, и в страхе убежали. Придя в сознание, преподобный дополз в келлию и пролежал в ней всю ночь, а наутро встал и с великими муками добрался до монастыря. Врачи, вызванные к нему, удивились, что он не умер от столь тяжких ран. Исцеление он опять получил от Царицы Небесной, как любил называть Божию Матерь святой старец, явившуюся ему в видении с апостолами Петром и Иоанном. Разбойников вскоре схватили, но преподобный Серафим просил начальство простить их. Он сказал, что если их накажут, то навсегда уйдет из Сарова. В скором времени пожар уничтожил дома злодеев, которые были из местных крестьян. Они раскаялись и впоследствии, приходили к старцу за благословением и советом.
После этого злоключения преподобный почти полгода провел в монастыре, но, поправившись, опять ушел в лесную келлию. Оставшись навсегда согбенным после этих истязаний, он ходил, опираясь на посох или топорик. После кончины игумена Исаии, братия просили его взять на себя настоятельство, но святой со смирением отказался от этой чести. Он приступил тогда к подвигу безмолвия: если ему в лесу встречался человек, он падал ниц и не вставал, пока тот не уходил. Старец перестал посещать обитель даже в воскресные дни. Раз в неделю монах приносил ему пищу, ставил ее в сенях на землю и уходил. Не встречаясь со святым.
После трех лет молчальничества в пустыни, в 1810 году преподобный Серафим вернулся в обитель. Во время вечерни в память святителя Николая, он тихо прошел в свою келлию, а на следующий день за Литургией причастился Святых Христовых Тайн.
Не оставляя безмолвия, он перешел к новому подвигу - затворничеству. В монастырской келлии у него была лишь икона с лампадой и обрубок пня вместо стула. Печь он никогда не топил. Для умерщвления плоти святой носил под рубахой тяжелый железный крест весом в 20 фунтов. Вериг и власяницы он не носил. «Кто нас оскорбит, - словом или делом, - он, и если мы переносим обиды по-евангельски - вот и вериги наши, вот и власяница». В праздники к нему приносили Святые Дары для причащения. Чтобы всегда помнить о смерти, преподобный просил сделать ему гроб и поставил его в своих сенях. Совершая в затворе подвиг безмолвия, молитвы и богомыслия, старец Серафим стяжал душевную чистоту и удостоился благодатных даров - прозорливости и чудо творений.
Тогда Господь поставил его на служение людям. После 10 лет затворничества он начал принимать посетителей у себя в келлии, а 25 ноября 1825 года в сонном видении ему явилась Божия Матерь вместе со святыми дня, повелела выйти из затвора и принимать всех ищущих наставления и помощи. Для преподобного началась пора старческого служения миру. Приходившие к «убогому Серафиму» видели его великую любовь к ним - он обращался ко всем с ласковыми словами «Радость моя», «сокровище мое». После беседы старец произносил, отпусти тельную молитву, давал благословение и, целуя, говорил: «Христос воскресе, радость моя».
Преподобный любил ходить в свою лесную келлию и к Богословскому роднику, возле которого ему выстроили маленькую келейку. Выйдя из нее, он всегда нес за плечами котомку с камнями. На вопрос, зачем он это делает, святой отвечал: «Томлю томящего меня».
Богомольцы шли к нему толпами. Случалось, что за один день в келлии бывало до двух тысяч человек. Больных и увечных старец исцелял от недугов. Обладая даром прозорливости, великий старец, предупреждал о приближающейся холере за несколько лет до вспышки эпидемии, а когда она началась - предвозвестил, что мор обойдёт стороной Саров и Дивеево. Один крестьянин, заболев холерой, приполз к преподобному, старец приложил его к своему келейному образу, напоил святой водой, дал просфоры и велел обойти вокруг обители и помолиться, - и крестьянин выздоровел.
Во время польского бунта в 1831 году армейская рота, направлявшаяся на войну, завернула в Саров. Старец благословил солдат и предсказал, что никто из них не погибнет. Эта рота прошла вою польскую кампанию, участвовала в штурме Варшавы, и все солдаты остались невредимы.