25 января 1721 года император издал манифест об установлении «Духовной коллегии, то есть Духовного соборного правительства
». А на другой день Сенат передал на высочайшее утверждение штаты создававшейся коллегии: президент из митрополитов, два вице-президента из архиепископов, четыре советника из архимандритов, четыре асессора из протопопов и один из «греческих черных священников». Предлагался и личный состав коллегии во главе с президентом-митрополитом Стефаном и вице-президентами-архиепископами Феодосием Новгородским и Феофаном Псковским. Царь наложил резолюцию: «Сих призвав в Сенат, объявить». Для членов коллегии составлен был текст присяги: «Исповедую же с клятвою крайнего судию Духовной сей коллегии быти самого Всероссийского монарха государя нашего всемилостивейшего». Эта противоканоническая присяга, оскорблявшая архиерейскую совесть, просуществовала почти 200 лет, до 1901 года.14 февраля после молебна в Троицком соборе состоялось открытие новой коллегии. И сразу встал недоуменный вопрос как совершать молитвенное возглашение нового церковного правительства. Латинское слово «коллегиум» в сочетании со «святейшим» звучало несообразно. Предлагались разные варианты: «собрание», «собор», и наконец остановились на приемлемом для православного уха греческом слове «синод» - Святейший Правительствующий Синод
. Наименование «коллегия», предложенное архиепископом Феофаном, отпало и по административным соображениям. Коллегии были подчинены Сенату. Для высшей церковной власти в православном государстве статус коллегии был явно неприличен. А Святейший Правительствующий Синод уже самим названием ставился наравне с Правительствующим Сенатом.Через полтора года указом императора была учреждена должность обер-прокурора Святейшего Синода
, на которую назначался «из офицеров добрый человек». Обер-прокурору надлежало быть в Синоде «оком государя и стряпчим по делам государственным». На него возлагался контроль и надзор над деятельностью Синода, но отнюдь не возглавление его. В самый день открытия Синода встал вопрос о возношении имен Восточных патриархов за богослужением. Решен он был не сразу. Архиепископ Феофан высказался против такого возношения. Ему нужно было, чтобы из народной памяти исчез сам титул патриарха, а аргументы его сводились к соблазнительной софистике: он ссылался на то обстоятельство, что в актах любого государя имена союзных ему монархов не фигурируют, будто политический союз подобен единству Тела Христова. Мнение составителя «Регламента» восторжествовало: имена патриархов исчезли из богослужений в русских храмах. Исключение допускалось лишь в тех случаях, когда первоприсутствующий член Синода совершал Литургию в домовой Синодальной церкви.Президент Синода митрополит Стефан, не присутствовавший на заседаниях при обсуждении этого вопроса, подал свое мнение письменно: «Мне видится, что в ектениях и возношениях церковных явственно можно обоя вместити. Например, так: о Святейших Православных Патриархах и о Святейшем Правительствующем Синоде. Какой в этом грех? Какой убыток славы и чести Святейшему Российскому Синоду? Кое безумие и непристой-ность? Паче же Богу приятно и народу весьма угодно было бы».
По настоянию преосвященного Феофана мнение это было отвергнуто Синодом как раз из-за того, что оно «народу весьма угодно было бы». Более того, Синод принял составленное Феофаном постановление. «Те вопросы-ответы (то есть замечания митрополита Стефана) яко неважные и некрепкие, паче же неполезные, но весьма противные и мир церковный терзающие и государственной тишины вредительные… держать в Синоде под опасным хранением, дабы не точию в публику, но и в показание не произошли».
Отодвинутый и почти устраненный от управления президент Синода практически не оказывал уже никакого влияния на ход синодальных дел, где всем распоряжался любимец императора Феофан. В 1722 году митрополит Стефан скончался. После его смерти должность президента была упразднена.