Знаменательным явлением церковной жизни петровской эпохи было обращение ко Христу многих тысяч язычников и магометан. Как и в предшествующие столетия, христианское просвещение совершалось в России без насилия и принуждения. Выражая дух исконно русского правосознания, Петр I писал в указе 1702 года: «Совести человеческой приневоливать не желаем и охотно предоставляем каждому на его ответственность пещися о спасении души своей». Правительство однако не избегало поощрительных мер по отношению к обращенным инородцам. Крещенных крепостных отписывали от их некрещеных помещиков. С 1720 года всем новообращенным представлялась трехлетняя льгота от податей и рекрутства. В Казанской епархии, где значительную часть населения составляли магометане и язычники, миссионерство заметно оживилось при митрополите Тихоне (1701-1724 гг.). Его деятельными помощниками были ключарь кафедрального собора священник Феодор и Раифский иеромонах Алексий. Среди язычников - мордвы, черемисов (марийцев), чувашей - миссия имела немалый успех, но магометане оказались гораздо упорней. Митрополит Тихон первым в России открыл школу для крещенных инородцев. Когда из-за недостатка средств эту школу пришлось закрыть, святитель продолжал обучать новокрещенных детей в духовном училище при епархиальном доме.
В Нижнем Поволжье Слово Божие проповедовалось буддистам-калмыкам. Уже в 1700 году на реке Терешке выросло целое поселение крещенных калмыков. Калмыцкий хан Аюка разорил это селение, и тогда правительство стало отсылать крещенных калмыков на жительство в Киев и Чугуев, приписывая их там к казакам. После смерти Аюки святое крещение принял его внук Тайшин, кочевавший со своей ордой близ Астрахани. Восприемником Тайшина был царь, и в крещении хана нарекли Петром. Проповедь Евангелия сибирским инородцам связана с именами двух великих подвижников Тобольских святителей
Митрополит Филофей родился в 1650 году в Малороссии в дворянской семье. Образование получил в Могилянской Академии, потом священствовал, а овдовев, принял постриг в Киево-Печерской Лавре. В обители он исполнял должность эконома. Потом назначили его наместником приписанного к Лавре Брянского Свенского монастыря. В 1702 году архимандрита Филофея возвели в сан митрополита Тобольского на место не выехавшего в Сибирь по болезни святого Димитрия.
Из Тобольска святитель писал Петру I: «Пришед в Сибирские страны, в церквах Божиих обрел великое нестроение… А чинится то за великою простотою (священников) и нищетой». Архиерейский дом стоял в развалинах, церквей не хватало; некоторые поселения находились в сотнях верст от приходского храма. Духовенство было сплошь малограмотное. За время пребывания на кафедре митрополита Филофея в епархии построено было 288 церквей. Для подготовки священников устраивались школы, где обучались дети «духовного звания», и содержались они на средства архиерейского дома. Святитель добился от властей выдачи жалования городским священникам, а сельских священнослужителей, по его ходатайствам, стали наделять землей. В 1708 году митрополит Филофей тяжко занемог и принял схиму с именем Фёодора в Тюменском Троицком монастыре. Он мечтал вернуться в родную Киевскую Лавру и умереть там. Но Бог судил иначе. Когда он неожиданно для себя поправился, губернатор Сибири князь Гагарин предложил ему отправиться миссионером к остякам и вогулам (хантам и манси). И святитель увидел в этом желание воли Божией. Он взял с собой гребцов, переводчиков, казаков для охраны и отправился на малом судне вниз по Иртышу и по Оби в селения остяков.
Остяки были кочевниками, занимались звероловством и рыбной ловлей. Они поклонялись идолам, обожествляли не только духов, но и вредивших им зверей. Останавливаясь в остяцких юртах, святитель объяснил язычникам бессилие их идолов, проповедовал им истинного Бога. И многие идолопоклонники, пораженные силой проповеди, сжигали свои кумирни и принимали крещение. Успеху проповеди содействовали чудеса. Однажды крестили немощную девочку, которую для погружения в реку несли на руках, но, выйдя из воды, она сама пошла домой, и с этих пор даже тяжелая работа, была ей по силам. Не один раз отправлялся святитель в миссионерские путешествия по сибирским рекам. Он побывал и в алатымских юртах, и в Пелыми, где сам крестил 400 вогулов, и в Березове, и на Конде, и среди чулымских татар. Уже глубоким старцем великий миссионер побывал в далеком Иркутске и за Байкалом, плавал по рекам Ангаре, Тунгуске и Кеше.
В этих путешествиях не раз его жизнь подвергалась опасности. В Буренинских юртах в него стрелял остяцкий старшина. Но пуля, пронзив одежду подвижника, не повредила ему. Старшину схватили и привезли в Тобольск, а там митрополит взял его к себе домой, простил и научил его истине христианской веры, и язычник принял святое крещение.