Школа старого, греко-славянского типа, доживала последние дни, хотя именно в это время в Новгороде устроено было превосходное греческое училище. В 1706 году митрополит Иов вызвал к себе братьев иеромонахов
Архиереи из киевских ученых монахов открывали латинские училища и в провинции. В 1700 году святым Иоанном (Максимовичем) открыта была школа в Чернигове, в 1702 году - святителем Димитрием в Ростове, в 1703 году - митрополитом Филофеем в Тобольске. Но священнослужители - великороссы не хотели отдавать в эти училища своих чад. Чтобы содействовать делу духовного образования, Петр I издал указ, по которому дети духовенства, не обучавшиеся в школах, не допускались к церковным должностям. Без аттестатов «поповичей» запрещено было принимать и в «чины гражданской службы», кроме «солдатского чина». Пока число регулярных духовных училищ было невелико, в качестве временной меры при архиерейских домах и больших монастырях велено было устраивать начальные «цифирные» школы, куда принимались дети из всех сословий, а все дети духовных лиц обязаны были проходить эти школы под угрозой принудительной солдатчины.
«Духовный регламент» провозгласил обязательность обучения для детей священнослужителей и причетников. Необученные недоросли подлежали исключению из духовного сословия. «Регламент» поучал: «Когда нет света учения, нельзя быть доброму Церкви поведению, и нельзя не быть нестроению, и многим смеха достойным суевериям, еще же и раздорам, и пребезумным ересям». Согласно «Регламенту», духовные училища содержались на средства архиерейских домов и сборов с монастырских земель.
В латинские училища принимались уже грамотные мальчики, получившие начальное образование у себя дома или в цифирных школах. Курс обучения разделялся на 8 классов, с преподаванием в первом классе - латинской грамматики, географии и истории, во втором - арифметики и геометрии, в третьем - логики с диалектикой, в четвертом - риторики и пиитики, в пятом - физики и метафизики, в шестом - политики, в седьмом и восьмом - богословия. Языки - латинский, греческий, еврейский, церковнославянский, должны были изучаться во всех классах. А на деле преподавался один только латинский язык, который и стал языком обучения. В новооткрытых школах ученики отвыкали от славянского языка, даже Священное Писание они изучали по Вульгате.
Для воспитанников вводились строгие правила жизни. Общежития при училищах назывались «семинариями»; впоследствии этим словом стали называть и самые духовные школы. Свидания с родными дозволялись семинаристам крайне редко. Школа была закрытой, подобно военным «корпусам». «Таковое младых человек житие, - сказано в «Регламенте», - кажется быть стужительное и заключению пленническому подобное: но кто обвыкнет так жити, хотя чрез един год, тому весьма сладко будет». Ректор, префект, надзиратели и учителя обязаны были жить вместе с воспитанниками.
Во исполнение проекта, изложенного в «Регламенте», духовные училища семинарского типа стали открываться в разных городах России. В Санкт-Петербурге в 1721 году открыты были сразу две школы: одна - в Александро-Невском монастыре архиепископом
Но дети духовенства по-прежнему неохотно шли в семинарии. В школах не хватало учителей, не хватало книг, из-за недостатка средств жизнь семинаристов оказалась на самом деле крайне «стужительной» и часто полуголодной. И всё же главной причиной недоверия к латинским семинариям и страха перед ними была их оторванность от церковной жизни. Великорусское духовенство смотрело на латинскую школу как на чуждую «латино-польскую колонию» в родной земле. Многих смущало и то обстоятельство, что почти все учителя были «черкасами» - выходцами из Малороссии и Польши. К тому же эти учителя порой смотрели на своих питомцев высокомерно, смеялись над ними и презирали их.