После реформы духовного образования в 1814 году Академия была преобразована в четырех годичную высшую школу и переведена в стены древней обители Живоначальной Троицы. Пребывание в Лавре, у гробницы с мощами преподобного Сергия, оказывает благодатное воздействие на жизнь Духовной школы. Лаврские святыни напоминали профессорам и студентам о неразрывном единстве православного богословия с живым духовным опытом, отвращали их от богословского рационализма и схоластики.
В первые два года после реформы ректором Академии был архимандрит
Большое влияние на жизнь Академии в течение полувека оказывал митрополит Московский
Одним из самых замечательных профессоров и ректоров Московской Духовной Академии был архимандрит
Историк Московской Академии писал: о нем; «Он выступил на поприще учения с новыми приемами, с критикою источников, с филологическими соображениями, с историею догматов, с резким опровержением мнений, порожденных рационализмом в протестантском Западе, что было занимательною новостью для его слушателей». Строгая: верность православному Преданию, освобождение из плена инословных догматических схем сочетались в его лекциях с научной критикой источников, с тонким анализом текстов.
Архимандрит Филарет (Гумилевский) был инициатором предпринятого при Московской Академии издания творений святых отцов в русском переводе. На этом издании сосредоточены были главные научно-богословские силы академической профессуры. Специально созданный печатный орган Академии, выходивши с 1843 года, назывался «Прибавления к творениям святых отцов». В Академии были переведены и изданы творения святых Афанасия Великого, Василия Великого, Григория Богослова, Григория Нисского, Кирилла Александрийского, Макария Египетского, Кирилла Иерусалимского, Ефрема Сирина, Исаака Сирина, Иоанна Лествичника. Этой переводческой и издательской деятельностью Академия по существу обессмертила свое имя в истории Русской Церкви. Московская Духовная Академия участвовала также в переводе Библии на русский язык.
Целую эпоху в истории Академии составили 60-70-е годы, когда ее ректором был протоиерей
Вклад протоиерея А. В. Горского в науку не исчерпывается его собственными трудами. Он помогал своему другу архиепископу Филарету (Гумилевскому) в его изысканиях; он давал глубоко продуманные церковно-исторические и канонические консультации митрополиту Московскому Филарету, он помог епископу Владимирскому Сергию (Спасскому) в составлении фундаментально агиологического труда «Полный месяцеслов Востока».