При обер-прокуроре Протасове в 1842 году во главе Академии был поставлен архимандрит Афанасий (Дроздов), впоследствии архиепископ Астраханский, ученый редкой эрудиции и любознательности, вместо с тем он проявлял крайнее недоверие к богословской науке, к богословской мысли. По свидетельству епископа Филарета (Гумилевского), он говорил: «Для меня Исповедание Могилы и Кормчая все - и более ничего». Митрополит Московский Филарет, относившийся с тревогой к тому направлению, которое, по подсказке Протасова, старался придать академической науке новый ректор, считал, что тот «веровал в церковные книги более, нежели в слово Божие».
С 1851 по 1857 годы Академию возглавлял архимандрит Макарий (Булгаков), незаурядный церковный историк и догматист, впоследствии митрополит Московский. Его преемником стал знаменитый впоследствии Вышенский затворник епископ Феофан (Говоров). Новый период в истории Академии начался с введения академического устава 1869 года, когда существенно расширилось коллегиальное начало в управлении Духовной школой и введен был конкурсный порядок замещения вакантных преподавательских мест. В 70-х годах ректором Академии состоял протоиерей И. Л. Янышев, позже протопресвитер, читавший весьма популярные в то время лекции по Нравственному богословию.
По уставу 1884 года в Академиях усилена была власть ректора. Во главе Петербургской Академии с этих пор, как правило, ставили архиереев. В 80-е годы Академию возглавлял епископ
Среди преподавателей Академии много было незаурядных богословов, канонистов, историков: иеромонах
История
Среди первых ректоров коллегии были известные церковные деятели и духовные писатели Западной Руси - Иннокентий (Гизель), Лазарь (Баранович), впоследствии Черниговский архиепископ, Иоанникий (Голятовский). В смутные 50-е годы коллегия пришла в запустение. Восстановлена она была в 70-х годах при ректорстве архимандрита Варлаама (Ясинского), позже Киевского митрополита. В 1701 году Киевская коллегия получила права академии. По ее образцу стали устраиваться Семинарии в малороссийских и великорусских кафедральных городах. Киевская Академия стояла тогда на самом высоком научном и образовательном уровне среди Духовных школ России. Поэтому из числа её выпускников восполнялся российский епископат, ученые киевские монахи назначались архимандритами самых крупных монастырей, ректорами семинарий. В Киеве получили образование святители Феодосий Черниговский, Димитрий Ростовский, Иоанн Тобольский, Иннокентий и Софроний Иркутские, Иоасаф Белгородский; Местоблюститель, митрополит Стефан (Яворский), митрополиты Арсений (Мацеевич) и Павел (Конюскевич), архиепископы Феофилакт (Лопатинский) и Феофан (Прокопович).
Даже в середине столетия Киевская Академия значительно опережала другие Духовные школы и по уровню научной подготовки и по числу студентов: в Московской Академии тогда обучалось около 500 воспитанников, а в Киевской - 1200.