В связи с реформой духовного образования в 1817 году Академию временно переименовали в Семинарию, но через два года, в сентябре 1819 года состоялось торжественное открытие новой Академии, устроенной в соответствии с уставом 1814 года как четырех годичная высшая школа. Первым ректором преобразованной Академии стал архимандрит Моисей (Антипов-Гайтанников), позже экзарх Грузии.
В 20-30-е годы большое влияние на учебный процесс в Академии оказывал митрополит Киевский Евгений (Болховитинов), крупный ученый, церковный историк. Он содействовал развитию в Академии церковно-исторической науки. Под его руководством были написаны серьезные труды по истории Русской Церкви. В 30-40-е годы особое покровительство Академии оказывал преемник митрополита Евгения митрополит Филарет (Амфитеатров), богослов глубокой учености и инок высокого христианского благочестия.
В 20-е годы во главе Академии стоял святой Мелетий (Леонтович), впоследствии архиепископ Харьковский. Среди ректоров Академии были замечательные духовные писатели, ставшие впоследствии известными иерархами: архиепископы Иннокентий (Борисов), Антоний (Амфитеатров), Дмитрий (Муретов). В 80-90-е годы Академию возглавлял известный ученый догматист епископ Сильвестр (Малеванский).
В 1837 году в ректорство архимандрита Иннокентия (Борисова), при Академии стал выходить журнал «Воскресное чтение», а в 1860 году началось издание «Трудов Киевской Духовной Академии», на страницах которых публиковались богословские, церковно-исторические и канонические исследования. В этом издании помещались выполненные силами Академии переводы творений Апостольских мужей, святого Иринея, епископа Лионского, и западных отцов: Тертуллиана, святого Ипполита, святого Киприана Карфагенского, блаженного Августина, блаженного Иеронима. В XIX веке Академия взрастила епископа-аскета Феофана Затворника, митрополитов Леонтия (Лебединского), Иоанникия (Руднева), Владимира (Богоявленского).
Киевская Академия всегда особое внимание уделяла церковному пению. Её студенческий хор пользовался большим уважением любителей духовного пения. Академия располагала на редкость богатой церковно-археологической и художественной коллекцией, которая принадлежала к числу лучших музейных собраний России.
Предшественницей
Важнейшую особенность Казанской Академии, которая находилась в центре области с инородческим населением, составляло её Миссионерское отделение, открытое в 1854 году. Здесь преподавались арабский, турецкий, татарский, монгольский и калмыцкий языки, этнография, история и обличение ислама и ламаизма, история распространения христианства среди народов Востока, миссионерская педагогика. Выдающимся тружеником Миссионерского отделения был профессор И. И. Ильминский.
С середины 50-х годов профессора и студенты Казанской Академии проявляли особый интерес к церковно-исторической науке. Этому способствовала передача рукописного собрания Соловецкого Преображенского монастыря в Казанскую Академию. Студенты описывали рукописные книги, а также и акты. Соприкосновение с редкими археологическими и архивными материалами возбудило у них живой интерес к историческим исследованиям. Особое внимание в Академии уделялось истории раскола.
Среди профессоров Академии немало было крупных деятелей церковной науки, и среди них архимандрит Иоанн (Соколов) (1818-1860), впоследствии епископ Смоленский, который в 50-е годы возглавлял Академию. Это был незаурядный канонист, автор «Опыта курса церковного законоведения», в котором впервые на русском языке были излажены святые каноны с обстоятельными историческими комментариями. Человек необычно сильного и смелого ума, он был блестящим, остроумным лектором и вдохновенным проповедником, затрагивавшим в своих проповедях актуальные вопросы церковной и общественной жизни. В эпоху реформ он смело, открыто заговорил о житейской и социальной неправде. С 1868 по 1871 годы ректором Казанской Академии состоял архимандрит Никанор (Бровкович), впоследствии архиепископ Херсонский, крупный и оригинальный богослов-апологет и религиозный философ, автор замечательных «Воспоминаний». Большой вклад в церковно-историческую науку внесли казанские профессора