Когда император Николай вспомнил о своем любимце военном инженере Брянчанинове и узнал, что принял постриг и управляет древней Пельшемской обителью, он вызвал его к себе в Петербург и велел назначить строителем Троице-Сергиевой пустыни, расположенной возле столицы и находившейся тогда в упадке. 24 года управлял он этой обителью. Взгляды отца Игнатия на монашество складывались под влиянием святоотеческих аскетических творений и бесед со старцами Леонидом и Феофаном Новоезерским. Трудами настоятеля в Сергиевой пустыни был введен общежительный устав - в обители возобновилась аскетическая жизнь. В 1838 году архимандрит Игнатий был назначен благочинным монастырей Петербургской епархии. Он много сделал тогда для возрождения древнего Валаамского монастыря, поставив его настоятелем духовно опытного подвижника игумена Дамаскина.
В 1857 году архимандрит Игнатий был хиротонисан в епископа Кавказского и Черноморского. После хиротонии он прибыл в свой кафедральный город Ставрополь. Епископ Игнатий содействовал улучшению положения местного духовенства, благодаря его заботам в Ставрополе был создан хороший церковный хор, построен архиерейский дом, благоустроена Духовная Семинария.
Болезнь вынудила его летом 1861 года уйти на покой и поселиться в Николо-Бабаевском монастыре Костромской епархии. Здесь он подвизался до самой кончины, последовавшей 30 апреля 1867 года в Неделю Жен-Мироносиц. В монастыре он вел обширную переписку с людьми, искавшими у него совета и наставления и писал богословские сочинения.
Самые значительные труды епископа Игнатия: «Аскетические опыты», «Аскетическая проповедь», «О молитве Иисусовой», «Приношение современному монашеству», «Слово старца с учеником», «О терпении скорбей», «Слово о смерти».
В «Аскетических опытах» начертан идеал духовного трезвения, собранности и смирения. Но аскетическое делание не заслоняло для епископа Игнатия конечной цел подвижничества: стяжания благодатного мира и встречи со Христом. «Ты приходишь! - писал он, - я не вижу образа пришествия Твоего, вижу Твое пришествие».
Мистические увлечения Александровской эпохи встревожили его, и святитель не уставал в своих творениях предостерегать против мистической мечтательности, против нетрезвой прелестной «духовности», отравленной гордыней и превозношением. Не одобрял он и чтения инославных мистических книг. В западных святых Терезе или Лойоле святитель Игнатий видел самообольщенных и духовно поврежденных людей, называл их сумасшедшими. Предостерегал он и против чтения знаменитого «Подражания» Фомы Кемпийского, которое пользовалось тогда необычайным успехом не только в кругу религиозно настроенных светских лиц, но и среди некоторых монахов. Жесткими и резкими словами характеризовал святитель и светскую культуру. «Ученость, - говорил он, - светильник ветхого человека».
Состояние современной ему церковной жизни вызывало у него тревогу и скорбь. Ещё будучи настоятелем Сергиевой пустыни, он в беседе с английским богословом В. Пальмером говорил с удивительной откровенностью: «Наше духовенство чрезвычайно лихо поддается новым и странным мнениям, читает книги неправославных и даже неверующих сочинителей… Россия, пожалуй, находится недалеко от взрыва в ней еретического либерализма. У нас есть хорошая внешность: мы сохранили все обряды и Символ первобытной Церкви, но все это мертвое тело, в нем мало жизни. Белое духовенство насильно сдерживается в лицемерном православии только боязнью народа».
Епископа Игнатия тревожило и состояние современного ему монашества, над которым, считал он, нависла опасность постепенного обмирщения. Монахам он советовал держаться подальше от мира.
Младшим современником епископа Игнатия был другой знаменитый аскетический писатель епископ