В Вышегонском затворе епископ Феофан написал свои сочинения, за которые его в 1890 году удостоили степени доктора богословия. В 1876 году в его переводе вышел первый том
Огромную ценность представляют труды епископа Феофана по аскетике. Главная тема их - душа, предстоящая Богу в сокрушении, покаянии и молитве. «Вся надежда тогда Спаситель, - писал он, - а отсюда непрестанное «Господи помилуй», христианин, живя в Боге, «в изумлении погружается в Его непостижимой Беспредельности и пребывает в Божественном порядке». Молитву святитель Феофан Затворник называл «умным предстоянием Богу в сердце… Своя из сердца молитва делает ненужной ненужной молитву читательную». Обращаясь к ревнителю иноческого жития, он пишет: «Настоящего вам хочется? Но где же вы его найдете? Оно скрыто и невидимо, видимы только всякие послабления. Иной раз приходит на мысль, что лучше не видеть монахов, а, уединившись, жить строго по примеру древних иноков». «Один Бог да душа - вот монах, - учил он - Келлия его окно на небо… Когда в сердце монастырь, тогда строение монастырское будь или не будь, все равно».
Епископ Феофан с тревогой смотрел на духовное состояние современного ему общества. «Того и гляди, что вера испарится, писал он, — почти всюду спят… Через поколение, много через два иссякнет наше православие». Следовало бы завести целое общество апологетов, — мечтал он, — и писать, и писать». Но только писать мало, народ нуждается в настоящей апостольской проповеди, исполненной Духа и силы». Поджигатели должны сами гореть. Горя, ходить повсюду и в устной беседе зажигать сердце».
Вышенский Затворник и епископ Игнатий имели разные мнения о природе человеческой души и духов. Святитель Игнатий полагал, что вполне невещественным и нематериальным является только Бог, а всякое существо непременно ограничено пространством и временем, и в силу этого некоторым образом вещественны даже ангелы и человеческие души. Он писал: «Душа - эфирное весьма тонкое летучее тело, имеющие весь вид нашего грубого тела, все его члены, даже волосы, его характер лица, словом, полное сходство с ним». Демоны, по словам святителя Игнатия, входят и выходят из человека, как воздух при дыхании. Иной взгляд выражал епископ Феофан. Он писал о простоте души, Для объяснения связи души и тела, считал он, нет нужды представлять душу вещественной, эту связь можно представить как динамическое средство между ними.
Труды епископа Феофана проникнуты живым святоотеческим духом, они являются чистейшим выражением церковного Предания. Творения святителя Феофана рано узнали и оценили на Западе. Они переведены на многие иностранные языки.
Жизнь святителя-подвижника постепенно угасла. Готовясь к кончине, он писал: «Умирать - это не особенность какая, и ждать надо как бодрствующий ждет ночи, чтобы уснуть, так и живущим надо впереди видеть конец, чтобы опочить. Только даруй, Боже, почить о Господе, чтобы с Господом быть всегда». 6 января 1894 года, накануне престольного праздника своего келейного храма Богоявления, богомудрый Вышенский Затворник тихо почил. При его кончине никто не присутствовал. Всю жизнь он любил уединение и скончался наедине с Богом.
§ 12. Богословие в XIX веке
В XIX веке отечественная богословская мысль достигла своего расцвета. После столетия инославных влияний, которое было одновременно эпохой собирания сил, эпохой культурного роста, русская богословие в возрасте к святоотеческому наследию обрело для себя твердую почву. У истоков богословского подъема стоит фигура митрополита Московского Филарета.