В самый тот день, когда пришло в Кириллов монастырь милостивое разрешение царя и Патриарха, Никон еще заранее, по тайному предчувствию, собрался в путь и, к общему изумлению, велел собраться своей келейной братии. С трудом посадили в сани изнуренного болезнями старца, чтобы влечь по земле до струга на реке Шексне. При впадении Шексны в Волгу приветствовали его посланными от братии Воскресенского монастыря; Никон велел плыть вниз к Ярославлю и, причалив у Толгского монастыря, приобщился запасных даров, ибо начинал крайне изнемогать. Игумен с братиею вышли к нему навстречу и с ними вместе сосланный на покаяние враг Никона, бывший архимандрит Сергий, который во время суда содержал его под стражей и осыпал поруганиями. Этому Сергию, заснувшему в трапезе, в час приплытия Патриарха, явился во сне Никон, говоря: «Брате Сергие, восстани, сотворим прощение!» – и внезапно услышал он, что шествует Волгою Патриарх, и, видя умирающего, раскаянный, со слезами пал к его ногам и испросил себе прощение. Снова тронулся струг по водам. Граждане ярославские, слыша о его пришествии, стеклись к реке и, видя старца на одре смертном, с плачем припадали к нему, целуя руки и одежды и прося благословения; одни влекли вдоль берега струг, другие же, бросаясь в воду, им помогали: так причалили к обители Всемилостивого Спаса.
Изнемогающий страдалец уже ничего не мог говорить, а только давал всем руку; дьяк царский велел перевезти струг на другой берег, чтоб избавиться от толпы народной. Ударили в колокол к вечерне, Никон стал кончаться. Озираясь, будто кто пришел к нему, сам он оправил себе волосы, бороду и одежды, как бы готовясь в дальнейший путь; духовник с братиею прочитали отходные молитвы. Патриарх же, распростершись на одре, сложив крестообразно руки и вздохнув, отошел с миром (17 августа 1681 г.). Между тем благочестивый царь Феодор, не зная о его преставлении, послал навстречу карету свою со множеством коней; когда же узнал, прослезился и спросил: что завещал в своей духовной Никон? Услышав, что усопший избрал его, как крестного сына, своим душеприказчиком и во всем на него положился, кроткий царь с изумлением сказал: «Если так святейший Патриарх возложил на меня всю надежду, воля Господня да будет, и я его в забвении не положу». Он велел везти тело его в Новый Иерусалим.
Новые затруднения возникли со стороны Патриарха Иоакима при погребении Никона, которому не соглашался он воздать почестей святительских, как лишенному сана вселенскими патриархами. Однако же государь убедил Корнилия, митрополита Новгородского, действовать при погребении и, сам участвуя в трогательном обряде, нес на раменах своих останки Никона от Елеонского креста до той могилы под Голгофою, где Никон приготовил себе место для вечного покоя. По просьбе царя Феодора, все патриархи восточные, признавая церковные заслуги Никона, грамотами своими разрешили, чтоб имя его опять было включено в священный лик патриархов, ибо этот великий муж Русской Церкви всегда был достоин своего высокого сана, хотя временно испытал искушения и скорби.
Между тем как царь Феодор заботился о восстановлении святительской чести своего крестного отца, ревностный Патриарх Иоаким неутомимо подвизался в устроении дел церковных, в борьбе с расколом и в распространении духовного просвещения.