Странным кажется, как не настоял об учреждении училищ в Москве сильный при дворе молодой образованный инок, с пылкой деятельностью, ученик уважаемого царем архипастыря Черниговского Лазаря Барановича, учитель царевича Феодора Алексеевича Симеон Полоцкий. Но, прибыв в Москву в 1664 году, он хотя и принимал участие в ученых трудах на пользу Церкви Русской, однако более семи лет жил простым иноком в Заиконоспасском монастыре. Около 1672 года сделался он наставником царевича Феодора: с этой поры стал он более иметь силы и влияния на других. Но, к несчастью, он незнаком был с греческим языком, а его латинское образование отчуждало от него строгих к Православию иноков и иерархов.
При Патриархе Иоакиме пришло наконец время, когда завещанное восточными первосвятителями дело должно было исполниться. В 1673 году возвратился в Москву из путешествия по Востоку некто иеромонах Тимофей и принес с собой известие о притеснениях, какие терпело тогда Православие на Востоке, особенно в Иерусалиме, от латинян, домогавшихся не только овладеть всеми святыми местами в Палестине, но и привлечь всех в покорность папе. Дошло это и до сведения юного царя. Сожалея об участи христиан восточных, он пожелал учредить училище греческое в Москве, дабы оказать какую-нибудь помощь угнетаемому Православию. Патриарх Иоаким охотно согласился с мыслью государя. Собрано было до 30 учеников; избран учителем проживавший в Москве ученый грек Мануил 24, а после него иеромонах Иоаким, также из греков; ректором училища назначен сам Тимофей, которого Патриарх причислил к своему домовому клиру. Училище открыто было при типографии. «И невозможно изобразить, – пишет один из учеников сего училища, – как заботились о нем сам благочестивейший государь и святейший Патриарх. Едва ли не каждую неделю приходили они в типографию, и порознь и вместе, и явно и тайно, чтоб утешаться новым и неслыханным делом, наделяли учащихся одеждою и червонцами» 25. Не менее радовался Патриарх Иерусалимский Досифей, когда узнал о благотворном предприятии на пользу духовного просвещения 26. Скоро начатки еллинского учения показались малы для щедрот государя, и он пожелал дать школе более обширные размеры и преобразовать ее в академию, но, не успев привести это дело в исполнение, скончался. Незадолго до ранней кончины он обратился к патриархам восточным с прошением прислать в Москву испытанных в Православии и учености наставников.
Между тем как в Москве едва появилась еще заря науки, свет просвещения колебался и едва не погасал на юге Руси: Братская коллегия в Киеве страдала от бури мятежей и неустройства, объявшей всю Малороссию. Около 1657 года Киево-Богоявленский монастырь со всеми принадлежавшими к нему строениями и училищем дотла был истреблен страшным пожаром. Коллегии в это тяжкое время уже не существовало, последние из возмужавших питомцев ее взялись за оружие, чтобы отомстить врагам отечественного спокойствия за гибель и разрушения, внесенные ими. Несколько лет спустя, при ректоре Иоанникии Голятовском, предпринято восстановление разрушенных зданий, но успели построить только деревянную Богоявленскую церковь и несколько убогих хижин для небольшого остатка уцелевших учеников. В 1665 году в самых окрестностях Киева открылись военные действия, и коллегия снова подверглась совершенному разрушению.
Все эти бедствия проистекали из междоусобий, раздиравших несчастную Украйну после кончины доблестного гетмана Богдана Хмельницкого и митрополита Сильвестра. Между тем как война польская продолжалась с обоюдными успехами и неудачами, самая Малороссия едва не отпала от державы Московской изменой гетмана Виговского, избранного вопреки законных прав сына Хмельницкого Юрия. Один только Киев остался неизменно верным царю. Мечтая о совершенной независимости Украйны, Виговский пленился ложными обещаниями Польши о свободе гражданской и духовной и обагрил кровью благословенную страну, присоединение которой не стоило ни единой капли крови. Поляки и хищные крымцы воспользовались ее неустройством, чтобы грабить под видом союзников то Виговского, то Юрия. Сам Юрий явился за булавою отца своего, получил утверждение от царя, изменил ему и кончил иночеством во цвете лет странное и бурное свое поприще.