В столь же печальном расстройстве находилась со времени кончины Сильвестра Коссова киевская иерархия, страдавшая внутренними раздорами и слабостью двух своих первосвятителей. Первый из них Болабан (1658–1663), прежде избрания в митрополиты был администратором на Волыни от имени Сильвестра Коссова и состоял в сане епископа Луцкого и Острожского. Избранный в Киевские первосвятители, Дионисий Болабан истребовал на это благословение от Константинопольского Патриарха Парфения. Нежелание его снестись предварительно о своем избрании с Патриархом Московским было причиною того, что царь Алексей Михайлович не признал Дионисия митрополитом и повелел посвященному тогда в Москве из киевлян епископу Мстиславскому и Оршанскому Мефодию быть блюстителем Киевской митрополии. К стыду Православия, Дионисий усердно содействовал измене Виговского и вместе с ним присягнул в верном исполнении статей Гадячского договора, предававшего Малороссию во власть Польши. Он окончил жалкую и многомятежную жизнь свою в Корсуни, не смея показаться в Киев, но удерживая за собой власть святительскую до самой кончины.
Православное духовенство и шляхетство левой стороны Днепра избрали на митрополию Иосифа Нелюбович-Тукальского (1664–1676), бывшего епископа Могилевского, удалившегося в Чигирин от преследования униатов. Приверженцы Польши, со своей стороны, избрали в митрополиты Антония Венницкого и убедили короля заточить Иосифа в Мариенбургскую крепость 27.
В начале 1665 года выступил на поприще общественной деятельности Петр Дорошенко, простой чигиринский казак, ознаменовавший последующую жизнь свою смелыми подвигами и разными злодеяниями. Он захватил в свои руки власть гетманскую. По просьбе его король приказал освободить из заточения митрополита Иосифа и возвратить его на родину. Но Иосиф не смел явиться в Киев как потому, что боялся негодования царского на принятие митрополии без ведома и согласия московского двора, так и потому, что ни киевское духовенство, ни малороссийские казаки правой стороны Днепра, как не участвовавшие в избрании Тукальского, не хотели признавать его своим митрополитом. В Киеве между тем местоблюститель Мефодий явился возмутителем 28 против благодетеля своего, царя православного. Вскоре после того Дорошенко поддался туркам на наущению митрополита Иосифа, который, не внимая советам лучших людей Украйны 29, через это постыдное дело потерял уважение народное. Малороссии предстояло быть союзницей поклонников Магомета, если бы Андрусовский договор (1667 г.) не остановил этого гибельного дела в самом его начале. Россия заключила перемирие с Польшею и, взяв на себя покровительство над исповедующими веру православную, утешила волнение народное, а уступка Киева со всеми к нему принадлежностями и военными снарядами во власть царю на два года послужила первым звеном, неразрывно связавшим юго-западную Россию с северо-восточной.
Блюстителем престола Киевской митрополии от царя был назначен Черниговский архипастырь Лазарь Баранович. С первого же раза он благотворно подействовал на взволнованные умы несчастной Украйны и способствовал восстановлению в ней возможной тишины. В 1669 году Баранович уговорил послать в Москву посольство о принятии всей Малороссии в подданство, о прощении вины ее и о подтверждении казацких вольностей. Между прочим поручено было членам сего посольства настоять на том, чтобы не отдавать полякам Киева, «сего, – как сказано в инструкции, – первопрестольного града Царства Русского, от которого искони на всю Россию воссияла благодать Божия». Тогда же состоялись статьи так называемого Глуховского договора; Дорошенко отвергнут, и Демьян Многогрешный принял гетманские клейноды и присягнул в верности государю.