Поскольку они не были ни достаточно богаты, ни достаточно могущественны, чтобы организовать крупномасштабное морское наступление на своих врагов, рыцари в XVII веке, как и прежде на Родосе, вступали в союз с другими христианскими военно-морскими силами, чтобы нанести мусульманам максимальный ущерб. Их помощь всегда была востребована. Они не только знали весь морской бассейн, как знакомую с детства книгу, но и их помощью можно было заручиться на основании того, что идет война с врагами веры. Преданность рыцарей религиозной войне (в которой они, разумеется, получали добычу) означала, что они не ставят себе цель – территориальную экспансию. По этой причине рыцари ордена на протяжении всего XVII века часто действовали совместно с венецианцами, пытаясь ограничить османскую власть в восточном бассейне моря. Для венецианцев это был чисто финансовый вопрос – торговля с Востоком была источником богатства для их гордой республики. Для рыцарей – из них только немногие имели венецианские связи – это был вопрос увеличения ударной силы их флота против вечного врага. Такое положение устраивало обоих союзников. «Венецианцы, – пишет Кельф-Коэн в „Рыцарях Мальты“, – были той силой, которая продолжала сопротивляться туркам на море. Они все еще были хозяевами большого острова Крит, лежавшего на торговых путях Леванта, и только после его полного завоевания османский контроль над восточной частью Средиземноморья можно было считать завершенным».
Только в 1645 году турки наконец объявили войну Криту. Главной причиной этого решения стало то, что венецианцы позволяли галерам рыцарей укрываться в их водах после нападений на турецкое судоходство. Высадив армию численностью 50 000 человек, турки довольно скоро взяли город Ханья, что на северо-востоке острова. Но прежде всего им надо было захватить столицу Крита. Кандия была сильным и хорошо укрепленным городом. Она выдерживала нападения турок в течение 20 лет. Эта осада, хотя и не была непрерывной, все же может считаться самой длинной в истории. Все эти годы рыцари святого Иоанна действовали совместно с венецианскими союзниками. Не проходило и года, чтобы не было крупного или нескольких мелких морских сражений, в которых всегда участвовали рыцари. Самым важным из них и одновременно типичным по своей сути было сражение в 1656 году в устье Дарданелл. В одном из описаний, основанном на венецианских депешах и опубликованном в Лондоне в том же году, говорится:
«После того как венецианский флот простоял месяц в Дарданеллах, ожидая противника, прибыла эскадра с Мальты, состоящая из 7 галер. 23 июня капитан Басса (паша) появился в виду замков; его флот состоял из 28 больших галер, 60 галер меньших размеров, 9 галеасов и разных небольших судов.
Флот республики состоял из 28 больших кораблей, 24 галер и 7 галеасов, к нему присоединились галеры Мальты, о которых говорилось ранее; ими командовал лорд приор Рочелла. Флот республики занял самую узкую часть пролива, так что турки не могли пройти, не приняв бой… В 10 часов Богу было угодно послать небольшой северо-западный ветер, который дал возможность венецианцам двигаться. Достопочтенный Элеазер Мочениго (Eleazer Mocenigo) пошел вперед на корабле Sultana of San-Marke и, проходя мимо турецкого флота, сделал попытку помешать его отходу, держась в устье канала и отважно сражаясь.
Битва началась. Генерал-капитан Лоренцо Марчелло вместе с генералом Мальты подошел и смешался с другими венецианскими командирами и их кораблями. Турки использовали все возможные способы уклониться от боя, но уйти им было некуда, и они были вынуждены сражаться. Все враги были разбиты мечом, огнем и водой. Капитан Басса сумел спастись, уведя с собой только 14 галер. Так республика одержала самую большую за последнее время победу на море.
Потери врага определить было невозможно. Много кораблей было потоплено или захвачено. На берегу были видны груды тел, а в маленькой долине на берегу залива трупов оказалось столько, что те, кто их видел, пришли в ужас. Количество освобожденных христианских рабов превысило пять тысяч. Потери венецианцев составили меньше трехсот человек. Эта победа запомнится навсегда… Венецианцы сохранили несколько вражеских кораблей разных типов в память об успехе, помимо тех одиннадцати, что взяла Мальта. Венецианские командиры решили остальные захваченные корабли сжечь и избавить себя от необходимости идти обратно с таким большим флотом… Смелость и благородство, проявленные венецианцами и мальтийцами, лучше понятны в действиях, чем в речах».
В оберже Италии в Валетте установлена табличка, напоминающая об этом событии. В ней сказано, что «приор Григорий Караффа (Gregory Caraffa) первым атаковал противника, и мальтийская эскадра захватила 3 крупных корабля и 8 маленьких галер, а также большое количество медных пушек. В плен было взято 300 турок и освобождено 2600 христиан».