После утраты государством самостоятельности сербская церковь лишилась защиты и поддержки правителей и христианской знати, обеднела и была вынуждена приспосабливаться к изменившейся ситуации. Однако ей надлежало продолжать свою миссию, решать те же задачи, располагая значительно меньшими средствами и имея значительно более ограниченную свободу деятельности. Условия для ее выживания были, безусловно, неблагоприятны, но охарактеризовать их с помощью простой и краткой формулы невозможно. Условия, в которых оказалась церковь, не были благоприятны, но они и не были невыносимы вследствие индифферентности и терпимости османской власти.
В повседневной жизни положение церкви определялось не только традиционным исламским отношением к другим великим монотеистическим религиям. Эта традиция предоставляла аргументы как в пользу тех, кто выступал за толерантное отношение к христианам, так и в пользу тех, кто зачастую фанатично преследовал их и их святыни. Веротерпимость, бесспорно, являлась отражением общей политики, позволявшей подданным султана —
Однако жизнь христиан с самого начала была сопряжена с ограничениями, свидетельствующими об их рабском положении. Все канонически избранные архиереи, чтобы иметь право нести свое служение, должны были получать от султана разрешение,
Храмы турецкие власти отнимали и превращали в мечети, особенно в больших городах и крепостях. Строительство новых церквей в принципе не разрешалось, а восстановление обветшавших храмов было возможно только при определенных условиях, с позволения властей. Было запрещено использовать церковные колокола. На отношение к христианским церквям и их иерархии, безусловно, влияла и политическая обстановка. Османские власти были более великодушны в период завоеваний и своего распространения, чем в период, когда великая империя уже очертила свои границы и сплотила территории. Традиционные исламские правила позволяли в случае добровольной сдачи города сохранить в нем церкви; если же город был завоеван мечом, то церкви разрешалось у христиан отбирать. Константинополь был взят после долгой осады, но Мехмед II все же пощадил большинство храмов и дал возможность функционировать Вселенской патриархии. Один из его наследников впоследствии должен был с помощью свидетелей доказывать, что Константинополь якобы сдался сам, чтобы уберечь христианские храмы от воинствующих исламских духовников. Очевидная непоследовательность в поведении центральной власти была еще более заметна на местах, особенно при восстановлении старых и строительстве новых церквей. В общем это было запрещено, однако на тех территориях, куда переселялись сербы, при власти турок были построены десятки храмов.
Ряд сербских епархий подчинялся Охридской архиепископии, центр которой турки завоевали одним из первых. С взятием Константинополя (1453) произошел переворот, имевший большое значение для дальнейшей жизни балканских христиан. Мехмед II Завоеватель разрешил функционирование Вселенской патриархии, возвел на патриарший престол Геннадия Сколария, одарив его и сделав главой всех христиан в Империи.
К множеству подданных султана христианского вероисповедания вскоре присоединилась и паства сербского патриарха (1455–1459). С гибелью государства деспотов не стало политической опоры для автокефалии, так что после смерти патриарха Арсения II должен был возникнуть вопрос о созыве собора, который мог бы избрать главу сербской церкви. Государственных границ больше не существовало, а часть епархий еще раньше была отделена и присоединена к Охридской архиепископии. Сербская патриархия, очевидно, перестала существовать. Об этом свидетельствуют перечни патриархов, а также имя