Около 1525 г. Охридский архиепископ Прохор, ссылаясь на грамоты и традиции своей церкви, восстановил автокефальную архиепископию, в которую вошла и сербская церковь. Сербские иерархи воспротивились этому. Смедеревскому митрополиту Павлу, носившему патриаршее звание, удалось на некоторое время воспрепятствовать действиям и планам архиепископа. Однако, выйдя на свободу, Прохор созвал собор (1540), на котором Павел был осужден, и ему было предписано подчиниться соборным постановлениям.
Смуты того времени показывают, что православные христиане под управлением Константинополя не смогли сохранить единство; автокефалия восстанавливается и под властью султана. Следующий шаг был сделан в 1557 г., когда благодаря родственным связям с великим визирем митрополит Герцеговинский Макарий стал патриархом восстановленной Печской патриархии. К этому времени турки покорили обширные территории бывшего Венгерского королевства, которыми затруднительно было управлять из Константинополя, в особенности потому, что они в основном были населены сербами.
Восстановленная патриархия сразу же приспособила свою сеть епархий к изменившимся условиям, учитывая картину расселения сербского народа. К этому времени самая значительная волна миграций ослабевала. В деле образовании новых епархий патриархия следовала административному устройству Османской империи. Об этом свидетельствует и тот факт, что названия епископий происходили от названий венгерских городов или совпадали с названиями санджаков. Центры епархий в новых областях на севере постоянного статуса, как старые епархии, не имели. По свидетельству современников, патриархия насчитывала 42 епархии, а при патриархе Паисии (1614–1647) их число сократилось до 33. Огромная территория, находившаяся под управлением патриарха, включала и три болгарские епархии, на севере она простиралась до Трансильвании, на северо-западе — до Буды и Печуя, а на западе — до Загреба[24]
и Далмации.Отношение турецкой власти к католикам, как и на Святой земле, в Константинополе и на греческих островах, было более строгим. Папа возглавлял лагерь врагов султана, а католические прелаты непосредственно ему подчинялись, поэтому деятельность их в Османской империи была запрещена. Исповедание католиками своей веры было возможно благодаря формальной принадлежности их к пастве православных архиереев, которые платили за них подати султану. Самой большой общностью были боснийские францисканцы, которых Порта рассматривала как членов «церкви Латинской в Боснийском, Клишском и Герцеговинском санджаках»; кроме того, католики проживали в горно-добывающих районах и в областях, населенных албанскими переселенцами, и находились под управлением Барского архиепископа.
Автоматического преследования католических священников не существовало, им не запрещали совершать религиозные обряды, но они не получали
Церковь переживала большие материальные затруднения. Вначале некоторым монастырям оставили часть их владений — чтобы их сохранить, они должны были нести охотничью службу, — но в большинстве случаев монастырские земли отбирались сразу же после захвата и передавались участникам походов. Уже в 1485 г. в переписи тимаров Скадарского санджака значатся не только села, о которых шла речь в дечанской, аранджеловской и жичской грамотах, но также церкви и небольшие монастыри, некогда принадлежавшие патриархии.
Тяжелым ударом для церкви явилась общая конфискация имущества, которая была осуществлена в 1568–1569 гг., в самом начале правления султана Селима П. Монахам предоставлялось право первыми участвовать в выкупе отнятого имущества. Однако для этого требовались большие суммы денег, которые монастырям приходилось брать взаймы и затем в течение десятилетий мучительно выплачивать взятые на себя долги.