Поскольку у словацких протестантов всегда были тесные контакты со сторонниками Реформации в Германии, противоречия между последователями кальвинизма и лютеранами, а также между различными группами лютеран, раздиравшие Германию, находили отголоски в словацких землях. Эти противоречия, суть которых сводилась к правильному толкованию вероучения Лютера и Аугсбургского исповедания, были связаны с подготовкой и принятием «Формулы» (1577 г.) и «Конкорданса» (1580 г.) — сборника основ вероучения Лютера. «Формула» и «Конкорданс» были подготовлены по поручению местных государей группой теологов и были направлены на разрешение споров внутри самого лютеранства. «Конкорданс» должен был также четко определить, какие варианты должны считаться терпимыми на основе Аугсбургского мира 1555 г.
Поскольку в Венгрии второй половины XVI в. существовала не менее сложная смесь реформационных взглядов, поначалу небольшая группа лютеран попыталась принять «Конкорданс» за доктринальный стандарт для евангеликов. Это привело к ожесточенным личным и теологическим спорам. Эти споры поутихли только тогда, когда городские советы горнопромышленных городов во имя сохранения общественного порядка и общего подхода к религиозным вопросам выступили в защиту все еще хрупкой
Дебаты о принятии «Конкорданса» переместились в восточные комитаты Спиш и Шариш. Там сторонники «Конкорданса» выступали против так называемых крипто-кальвинистов, многие из которых обучались вместе с Меланхтоном. Вождем конкордистов был дворянин-лютеранин Юрай Хорват Станчич Градецкий, который в своем имении Стража основал академию, ставшую одной из самых заметных лютеранских школ в словацких землях. Среди теологов-конкордистов было два первых видных лютеранских теолога-словака — Элиаш Лани и Северин Шкултеты.
Большое количество трактатов, написанных в период этих споров, стали первыми серьезными изданиями, напечатанными в Словакии, в особенности в типографии, основанной в 1578 г. в Бардеёве Давидом Гутгезелем. После провала попыток найти общий язык между кальвинистами и лютеранами на сейме, созванном в 1591 г. дворянином Тамашем Надашди в Чепреге, конфликт в восточно-словацких землях был постепенно разрешен в ходе ряда синодов и сеймов, проходивших с 1595 по 1599 г. Как и горнопромышленные города, Спиш и Шариш отреклись от кальвинистских или сакраментарианских, анабаптистских и антитринитаристских взглядов, но и не приняли «Книгу согласия» в качестве своего доктринального стандарта, поскольку посчитали, что ее принятие может привести к обвинению в религиозных нововведениях и поставить под угрозу
2.4. Усиление Контрреформации и восстание Иштвана Бочкаи
В конце XVI в. на помощь миссионерской и педагогической деятельности в качестве эффективного средства проведения рекатолизации в королевстве Венгрия пришли экономическая и политическая мощь и военная сила. Новое поколение молодых честолюбивых дворян и горожан, воспитанных в иезуитских школах и университетах, начинало проявлять интерес к церковным должностям. Одним из первых был нитранский епископ и позднее (с 1605 г.) архиепископ эстергомский Ференц Форгач. Поскольку в начале XVII в. деятельность иезуитов в словацких землях получала все большую поддержку со стороны придворных кругов, подавляющее большинство венгерского дворянства, исповедовавшего протестантизм, противостояло иезуитам и ощущало не только угрозу рекатолизации, но и ограничения своих сословных привилегий и статуса.