Начало рекатолизации было положено Фердинандом Штирийским в Верхней Австрии и Штирии в последние годы XVI в. Это вдохновило Рудольфа II предпринять сходные шаги в подвластных ему венгерских землях, и он предпринял попытку насильственно вернуть в католичество два важных города, Кошице и Левочу. Борясь с евангеликами в королевских городах, император удивительным образом ссылался на принцип Аугсбургского мира «чья страна, того и вера»
Первые меры против протестантов совпали с попытками турок отвоевать Эстергом. Когда большая часть имперской армии была выведена из восточной Венгрии и Трансильвании, чтобы отразить надвигавшуюся угрозу,- генерал Барбиано де Бельджойзо воспользовался ситуацией, чтобы конфисковать в восточной Венгрии собственность влиятельного трансильванского дворянина Иштвана Бочкаи, который вел тайные переговоры с антигабсбургской оппозицией в Трансильвании и с османами. Однако эта акция Барбиано обернулась катастрофой для имперских войск. Бочкаи сумел собрать вокруг себя широкий круг недовольных. В битве при Алмошде (комитат Бихар) в октябре 1604 г. он нанес поражение имперским войскам. Особую роль на первом этапе восстания Бочкаи играли отряды
Потерпев поражение, Барбиано де Бельджойзо попытался отвести большую часть своих сил к Кошицам. Но горожане отказались открыть ворота, поскольку еще не забыли захват их церквей. С другой стороны, они немедленно впустили в город отряды Бочкаи, где 11 сентября 1604 г. тот устроил свою резиденцию. Из Кошице он обратился ко всем комитатам и городам с патриотическим призывом защитить истинную христианскую веру и свободу нации. Призыв Бочкаи нашел особенно восторженный отклик в восточных городах Пентаполитаны. Преимущественно протестантское население чрезвычайно остро ощущало угрозу наступления Контрреформации. Города Левоча, Сабинов, Прешов, Бардеёв и Кежмарок последовали примеру Кошице и перешли на сторону повстанцев. Тем временем Бочкаи вел успешные переговоры о военной помощи с османами. Протектор Трансильвании Хуссейн бег из Фессалоник направил Бочкаи «атнаме» (защитную грамоту) великого визиря, изданное от имени султана. В грамоте Бочкаи именовался князем Трансильвании и королем венгерской нации. Султан брал венгерскую нацию под свою защиту и поручал ему наказать «упрямых немецких неверных».